Для биологов, медиков и всех новичков в программировании
Зачем мне этот курс?
Экспресс Linux для NGS
На рынке недостаток биоинформатиков
Программа
Большинство программ для биоинформатики работает на Linux, а Bash нужен для оптимизации процесса.
Альтернативных вариантов на Windows просто нет
Альтернативных вариантов на Windows просто нет
Знание Linux и Bash обязательно практически во всех вакансиях
ㅤ · ㅤПередовые исследования ㅤ · ㅤПерспективное направление ㅤ· ㅤМожно оставаться в науке ㅤ· ㅤВозможность работать удалённо ㅤ· ㅤБолее высокая ЗП по сравнению с мокрой биологией ㅤ· ㅤМожно перейти в смежную IT-областьㅤ · ㅤПередовые исследования ㅤ · ㅤПерспективное направление ㅤ· ㅤМожно оставаться в науке ㅤ· ㅤВозможность работать удалённо ㅤ· ㅤБолее высокая ЗП по сравнению с мокрой биологией ㅤ· ㅤМожно перейти в смежную IT-областьㅤ · ㅤㅤ
Кому подойдёт курс
Тем, кто совсем без понятия, что делать с Linux и зачем;
Пройдите тест, чтобы оценить свой уровень.
Если вы ответили на 80% вопросов, вам больше подойдёт наш продвинутый курс: Анализ NGS-данных
Хочет работать с геномными и белковыми последовательностями;
Сложно сделать первые шаги в биоинформатике самостоятельно;
Надо работать на сервере;
Хочет сменить профиль работы.
Чему вы научитесь
Узнаете, почему именно Linux
основная операционная система в биоинформатике
Освоите основные команды Linux,
необходимые для уверенной работы в командной строке и на сервере
Поймёте, какие темы нужно знать
для анализа NGS данных
Научитесь работать
на удалённом сервере,
на удалённом сервере,
скачивать с него и на него любые данные
с помощью простых скриптов на Bash
Получите навыки автоматизации рутины
для одновременного выполнения нескольких задач
Сможете работать в tmux
Подать заявку!
Если вы уже приобрели курс по анализу данных NGS — вы автоматически получаете доступ к этому интенсиву!
А если только планируете начать обучение на программе «Анализ NGS-данных», но сомневаетесь в своих силах, то мы предлагаем крутое решение: начните обучение
с этого интенсива и, если захотите продолжить, получите индивидуальную скидку (равную стоимости интенсива) для прохождения полного курса по анализу данных NGS.
А если только планируете начать обучение на программе «Анализ NGS-данных», но сомневаетесь в своих силах, то мы предлагаем крутое решение: начните обучение
с этого интенсива и, если захотите продолжить, получите индивидуальную скидку (равную стоимости интенсива) для прохождения полного курса по анализу данных NGS.
Более 1400 человек уже обучились на наших курсах.
Мы постоянно исследуем новые форматы, держим руку
на пульсе, используем современные методики обучения и заботимся о своих слушателях. После курса вы попадаете в комьюнити выпускников, где сможете решать возникающие вопросы и поддерживать нетворкинг.
Мы постоянно исследуем новые форматы, держим руку
на пульсе, используем современные методики обучения и заботимся о своих слушателях. После курса вы попадаете в комьюнити выпускников, где сможете решать возникающие вопросы и поддерживать нетворкинг.
Почему нужно учиться у нас
Бластим — надежный помощник в освоении новых навыков!
При отсутствии опыта командная строка и сервер выглядят пугающе.
- Мы поможем побороть страх и начать учиться;
- Объясним даже самые простые вещи;
- Будем постепенно двигаться от простого к сложному.
- Взаимодействуем с аудиторией и следим, чтобы все успевали;
- Даём достаточно времени для решения задач;
- Делаем короткие перерывы каждые 45 минут.
- Без лишней теории и углубления в неё;
- Акцент на практику и решение реальных задач по NGS;
- Расскажем только то, что понадобится вам в будущем;
- Следим за насыщенностью материала: без перегруза, но информативно.
- Расскажем все базовые вещи. Продвинутых тем не будет;
- Дадим полезные ссылки для дальнейшего обучения;
- Сможете учиться на более сложных курсах по биоинформатике.
Как проходит занятие
Интенсив
Один день. Вся база и Roadmap для развития в области биоинформатики
Онлайн формат
Занятие и общение в Discord.
Запись занятия на YouTube
Запись занятия на YouTube
Практика на сервере
Опыт реальной работы с данными
Видеозаписи иматериалы
Записи занятия останутся у вас навсегда
Для закрепления знаний. Публикация ответов
для самопроверки
для самопроверки
Домашнее задание
Программа курса
Понимание системы позволяет ориентироваться в том, что ты делаешь на сервере, а не просто писать команды, которым тебя научили. Что обеспечивает более быструю работу и умение находить лайфхаки.
- Linux для биоинформатики;
- Структура файловой системы Linux.
Обработка NGS данных почти всегда происходит на сервере, что связано с огромными объёмами данных и недостаточными ресурсами персональных компьютеров. Это также важно для командной работы и безопасного хранения данных.
- Протокол ssh;
- Копирование данных с сервера и на сервер.
Чтобы иметь возможность делать хоть что-то нужно знать простейшие команды. Без них вы не сможете даже понять, в какой вы находитесь папке, как из неё выйти или что делать, чтобы создать файл.
- Работа с файлами;
- Работа с директориями;
- Работа с архивами;
- Абсолютные и относительные пути;
- Права доступа;
- Полезные сочетания клавиш и особые символы;
- Поиск в командной строке.
Простые и эффективные команды для работы с текстовыми файлами позволят вам осуществлять базовые манипуляции с данными прямо на сервере и избежать ненужного копирования с сервера на свой компьютер и обратно.
- grep
- sed
- awk
Файлы с NGS данными зачастую публикуются в открытых базах данных, из которых их можно скачать. Однако на вашем компьютере, скорее всего, не хватит места для них. Поэтому быстрее и проще их качать сразу на сервер.
- wget
- apt-get
Данный терминал позволяет экономить время, так как в нем можно запускать параллельные расчёты.
Он также защищает от сбоя в соединении и продолжает обсчитывать данные, даже если вы вышли с сервера.
Он также защищает от сбоя в соединении и продолжает обсчитывать данные, даже если вы вышли с сервера.
Этот редактор облегчает работу с большими текстовыми файлами, такими как геномные последовательности. Работая в vim вы получаете наглядный файл с кодом. В vim есть продвинутые функции поиска и замены. В vim можно подключать другие языки программирования — Python и R.
Скрипты нужны для автоматизации повторяющихся задач. Использование скриптов позволяет ускорить обработку данных, так как данные можно не загружать повторно в память. Скриптами можно обмениваться с коллегами, чтобы не решать заново одну и ту же задачу.
- Переменные;
- Условия;
- Циклы;
- Интересные конструкции.
Применение навыков к реальным задачам позволит их отработать и закрепить, вы также сможете оценить, насколько хорошо освоили материал и задать оставшиеся вопросы.
Разберём, что такое Conda, выполним ее установку и рассмотрим основные команды для создания и управления изолированными виртуальными рабочими окружениями. Мы научимся создавать, активировать, удалять, а также переносить рабочее окружение между вычислительными машинами.
Разберём, что такое Snakemake и как с его помощью можно создавать автоматизированные пайплайны для анализа данных. Мы рассмотрим процесс установки, основной принцип работы Snakemake, а также разберем основые команды для запуска пайплайна. Дополнительно рассмотрим варианты запуска пайплайна на высокопроизводительном вычислительном кластере, логирование и управление ресурсами.
Разберём устройство и различия контейнеров Docker и Singularity. Рассмотрим отличие контейнеров от Сonda-окружений. Научимся скачивать образы контейнеров, изучим файловую систему и научимся запускать контейнеризированные биоинформатические инструменты. Узнаем, почему для биоинформатиков более актуальными являются контейнеры Singularity.
Преподаватель
Андрей Томаровский
✶ Биологический факультет НГУ, аспирант М.н.с института молекулярной и клеточной биологии СО РАН;
✶ Область исследований — популяционная геномика млекопитающих: сборка и аннотация геномов, анализ структуры популяций и изучение процесса гибридизации близкородственных видов;
✶ Младший администратор вычислительного кластера «Макарьич» ФББ МГУ;
✶ Опыт в преподавании 1 год.
✶ Увлечения: администрирование биоинформатических кластеров и написание пайплайнов для обработки NGS-данных;
Отзывы о курсе
Олеся Цветкова
Первый опыт курса от Бластим, вы лучшие! Спасибо!
Евгения
Спасибо. Линукс для NGS — это курс для меня лично. Для саморазвития. Я не умею пользоваться командной строкой. Вот и училась
Таня Новожилова, Биофак МГУ
Если честно, я не думала, что мне нужен Linux. Я думала, что это самое ужасное, что люди вообще придумали на свете. И когда я первый раз столкнулась с Linux, это было ужасно. Я просто ничего не понимала, что происходит. И это было в режиме, что мне говорили: «Типа давай, короче, сиди в Linux». Мне было страшно неудобно. Но у меня была такая ситуация, что кафедра одобрила тему, где нужно программирование. И мне просто пришлось судорожно осваивать Linux, потому что надо было на сервере что-то делать, и там, понятно, нужно было знание каких-то супер простых команд. А я банально не знала вообще ничего, даже change directory и какие редакторы в Linux. Поначалу это был ад. Писала научнику, чтобы он просто сказал, как мне выйти из одной директории или создать файл. Потом это превратилось в стокгольмский синдром: меня все ещё бесил Linux, но, как будто, меня уже это затянуло. А сейчас я просто не представляю свою жизнь без Linux и считаю, что это просто самая классная операционная система на свете.
Что будет после курса
Консультация по дальнейшим шагам на пути к работе в области биоинформатики;
Релевантная строчка в CV.
Сертификат об окончании курса Blastim на английском языке;
Запишитесь на курс
Оставить заявку
Курсы, которые могут вам подойти