Зачем мне этот курс?
Для биологов, медиков и всех новичков в программировании
Экспресс Linux для NGS
На рынке недостаток биоинформатиков
Большинство программ для биоинформатики работает на Linux, а Bash нужен для оптимизации процесса. Альтернативных вариантов на Windows просто нет
Знание Linux и Bash обязательно практически во всех вакансиях
ㅤ · ㅤПередовые исследования ㅤ · ㅤПерспективное направление ㅤ· ㅤМожно оставаться в науке ㅤ· ㅤВозможность работать удалённо ㅤ· ㅤБолее высокая ЗП по сравнению с мокрой биологией ㅤ· ㅤМожно перейти в смежную IT-областьㅤ · ㅤПередовые исследования ㅤ · ㅤПерспективное направление ㅤ· ㅤМожно оставаться в науке ㅤ· ㅤВозможность работать удалённо ㅤ· ㅤБолее высокая ЗП по сравнению с мокрой биологией ㅤ· ㅤМожно перейти в смежную IT-областьㅤ · ㅤㅤ
время московское
17 и 18 августа, 10:00 — 15:00
Стоимость — 3850₽ и 5500₽
для физлиц
для юрлиц
3 августа повышение цены на 10%
Кому подойдёт курс
Тем, кто совсем без понятия, что делать с Linux и зачем;
Хочет сменить профиль работы.
Пройдите тест, чтобы оценить свой уровень. Если вы ответили на 80% вопросов, вам больше подойдёт наш продвинутый курс: Анализ NGS-данных
Надо работать на сервере;
Сложно сделать первые шаги в биоинформатике самостоятельно;
Поймёте основы Linux и его важность в биоинформатике
· Узнаете, что такое Linux и почему его используют в биоинформатике;
· Получите общее представление об организации файловой системы;
· Научитесь взаимодействовать с сервером: подключаться по SSH, копировать данные.
· Получите общее представление об организации файловой системы;
· Научитесь взаимодействовать с сервером: подключаться по SSH, копировать данные.
На этом курсе вы
Овладеете командной строкой
· Освоите базовые команды для работы с файлами и директориями;
· Научитесь управлять потоками данных и создавать пайплайны;
· Поймёте концепцию прав доступа к файлам.
· Научитесь управлять потоками данных и создавать пайплайны;
· Поймёте концепцию прав доступа к файлам.
Станете экспертом в обработке данных
· Овладеете синтаксисом Bash: переменные, условия, циклы;
· Изучите редактор nano и Vim для работы с текстовыми файлами.
· Изучите редактор nano и Vim для работы с текстовыми файлами.
· Освойте терминальные мультиплексоры;
· Научитесь создавать и управлять виртуальными окружениями Conda.
· Научитесь создавать и управлять виртуальными окружениями Conda.
Получите дополнительные навыки
· Научитесь запускать и мониторить процессы в Linux;
· Узнаете, как останавливать и отправлять процессы в фон.
· Узнаете, как останавливать и отправлять процессы в фон.
Поймете принципы управления процессами
Подать заявку!
Если вы уже приобрели курс по анализу данных NGS — вы автоматически получаете доступ к этому интенсиву!
А если только планируете начать обучение на программе «Анализ NGS-данных», но сомневаетесь в своих силах, то мы предлагаем крутое решение: начните обучение с этого интенсива и, если захотите продолжить, получите индивидуальную скидку (равную стоимости интенсива) для прохождения полного курса по анализу данных NGS.
Более 2000 человек уже обучились на наших курсах. Мы постоянно исследуем новые форматы, держим руку на пульсе, используем современные методики обучения и заботимся о своих слушателях. По окончании курса вы получите доступ к закрытому чату, где сможете общаться с другими участниками и задавать вопросы преподавателю.
Почему нужно учиться у нас
Бластим — надёжный помощник в освоении новых навыков!
При отсутствии опыта командная строка и сервер выглядят пугающе.
- Мы поможем побороть страх и начать учиться;
- Объясним даже самые простые вещи;
- Будем постепенно двигаться от простого к сложному.
- Взаимодействуем с аудиторией и следим, чтобы все успевали;
- Даём достаточно времени для решения задач;
- Делаем короткие перерывы каждые 45 минут.
- Без лишней теории и углубления в неё;
- Акцент на практику и решение реальных задач по NGS;
- Расскажем только то, что понадобится вам в будущем;
- Следим за насыщенностью материала: без перегруза, но информативно.
- Расскажем все базовые вещи. Продвинутых тем не будет;
- Дадим полезные ссылки для дальнейшего обучения;
- Вы сможете учиться на более сложных курсах по биоинформатике.
Интенсив
Как проходит занятие
Два дня. Вся база для развития в области биоинформатики
Онлайн формат
Занятие и общение в Discord.
Запись занятия на YouTube
Запись занятия на YouTube
Практика на сервере
Опыт реальной работы с данными
Для закрепления знаний. Публикация ответов для самопроверки
Домашнее задание
Видеозаписи и материалы
Записи занятия останутся у вас навсегда
Программа курса
Понимание системы позволяет ориентироваться в том, что ты делаешь на сервере, а не просто писать команды, которым тебя научили. Что обеспечивает более быструю работу и умение находить лайфхаки.
- Linux для биоинформатики;
- Структура файловой системы Linux.
Обработка NGS данных почти всегда происходит на сервере, что связано с огромными объёмами данных и недостаточными ресурсами персональных компьютеров. Это также важно для командной работы и безопасного хранения данных.
- Протокол ssh;
- Копирование данных с сервера и на сервер.
Чтобы иметь возможность делать хоть что-то нужно знать простейшие команды. Без них вы не сможете даже понять, в какой вы находитесь папке, как из неё выйти или что делать, чтобы создать файл.
- Работа с файлами;
- Работа с директориями;
- Работа с архивами;
- Абсолютные и относительные пути;
- Права доступа;
- Полезные сочетания клавиш и особые символы;
- Поиск в командной строке.
Простые и эффективные команды для работы с текстовыми файлами позволят вам осуществлять базовые манипуляции с данными прямо на сервере и избежать ненужного копирования с сервера на свой компьютер и обратно.
- grep
- sed
- awk
Файлы с NGS данными зачастую публикуются в открытых базах данных, из которых их можно скачать. Однако на вашем компьютере, скорее всего, не хватит места для них. Поэтому быстрее и проще их качать сразу на сервер.
- wget
- apt-get
Данный терминал позволяет экономить время, так как в нем можно запускать параллельные расчёты.
Он также защищает от сбоя в соединении и продолжает обсчитывать данные, даже если вы вышли с сервера.
Он также защищает от сбоя в соединении и продолжает обсчитывать данные, даже если вы вышли с сервера.
Этот редактор облегчает работу с большими текстовыми файлами, такими как геномные последовательности. Работая в vim вы получаете наглядный файл с кодом. В vim есть продвинутые функции поиска и замены. В vim можно подключать другие языки программирования — Python и R.
Скрипты нужны для автоматизации повторяющихся задач. Использование скриптов позволяет ускорить обработку данных, так как данные можно не загружать повторно в память. Скриптами можно обмениваться с коллегами, чтобы не решать заново одну и ту же задачу.
- Переменные;
- Условия;
- Циклы;
- Интересные конструкции.
Применение навыков к реальным задачам позволит их отработать и закрепить, вы также сможете оценить, насколько хорошо освоили материал и задать оставшиеся вопросы.
Разберём, что такое Conda, выполним ее установку и рассмотрим основные команды для создания и управления изолированными виртуальными рабочими окружениями. Мы научимся создавать, активировать, удалять, а также переносить рабочее окружение между вычислительными машинами.
Андрей Томаровский
✶ Биологический факультет НГУ, аспирант М.н.с института молекулярной и клеточной биологии СО РАН;
✶ Область исследований — популяционная геномика млекопитающих: сборка и аннотация геномов, анализ структуры популяций и изучение процесса гибридизации близкородственных видов;
✶ Младший администратор вычислительного кластера «Макарьич» ФББ МГУ;
✶ Увлечения: администрирование биоинформатических кластеров и написание пайплайнов для обработки NGS-данных.
Преподаватель
Отзывы о курсе
Олеся Цветкова
Первый опыт курса от Бластим, вы лучшие! Спасибо!
Евгения
Спасибо. Линукс для NGS — это курс для меня лично. Для саморазвития. Я не умею пользоваться командной строкой. Вот и училась
Таня Новожилова, Биофак МГУ
Если честно, я не думала, что мне нужен Linux. Я думала, что это самое ужасное, что люди вообще придумали на свете. И когда я первый раз столкнулась с Linux, это было ужасно. Я просто ничего не понимала, что происходит. И это было в режиме, что мне говорили: «Типа давай, короче, сиди в Linux». Мне было страшно неудобно. Но у меня была такая ситуация, что кафедра одобрила тему, где нужно программирование. И мне просто пришлось судорожно осваивать Linux, потому что надо было на сервере что-то делать, и там, понятно, нужно было знание каких-то супер простых команд. А я банально не знала вообще ничего, даже change directory и какие редакторы в Linux. Поначалу это был ад. Писала научнику, чтобы он просто сказал, как мне выйти из одной директории или создать файл. Потом это превратилось в стокгольмский синдром: меня все ещё бесил Linux, но, как будто, меня уже это затянуло. А сейчас я просто не представляю свою жизнь без Linux и считаю, что это просто самая классная операционная система на свете.
Завершив курс, вы получите
Практический опыт работы на сервере;
Сертификат на английском языке.
Ценные знания и навыки;
Запишитесь на курс
Оставить заявку
Курсы, которые могут вам подойти