1. Использование филогенетических деревьев для детектирования горизонтального переноса генов у бактерий — лекция и тренинг (2 часа)
2. Презентация продукта InsideDNA — облака для воспроизводимых исследований (полчаса). Почему 75% результатов статей публикуемых в научных журналах невозможно воспроизвести и как это поправить?
2. Презентация продукта InsideDNA — облака для воспроизводимых исследований (полчаса). Почему 75% результатов статей публикуемых в научных журналах невозможно воспроизвести и как это поправить?
Расскажет Анна Костикова,
PhD in computational biology/comparative genomics, University of Lausanne, Switzerland, популяризатор Open Science и Reproducible Research, CSO в InsideDNA
PhD in computational biology/comparative genomics, University of Lausanne, Switzerland, популяризатор Open Science и Reproducible Research, CSO в InsideDNA
Программа
19:30 - 20:00
Лекция: облачные вычисления для воспроизводимых исследований в биоинформатике и life science
● Проблема с big data и reproducibility в life science
● Технические аспекты, лимитирующие ученых в работе с big data
● Решения, позволяющие ученым анализировать big data/reproducibilit
● Представление архитектуры и функционала InsideDNA
● Практический пример: статья в PLOS с reproducible URLs (iMethods)
● Демонстрация платформы
● Почему облачные вычисления — неизбежная участь научного сообщества
Лекция: облачные вычисления для воспроизводимых исследований в биоинформатике и life science
● Проблема с big data и reproducibility в life science
● Технические аспекты, лимитирующие ученых в работе с big data
● Решения, позволяющие ученым анализировать big data/reproducibilit
● Представление архитектуры и функционала InsideDNA
● Практический пример: статья в PLOS с reproducible URLs (iMethods)
● Демонстрация платформы
● Почему облачные вычисления — неизбежная участь научного сообщества
20:00 - 21:00
Лекция: использование филогенетических деревьев для детектирования горизонтального переноса в бактериях
● tree of life vs web of life, понятие и механизмы горизонтального переноса, примеры
● Пайплайн для детектирования переноса в бактериях: reciprocal blast, orthology clustering, sequence re-arrangement, massive re-alignment, tree reconstruction, model testing, GC content, synteny blocks detection
● Фокус на реконструкции филогений и тестировании моделей
● Расчет максимального правдоподобия для деревьев
● Методы поиска топологий
● Методы оптимизации длин ветвей и эволюционных моделей
● Основные типы эволюционных моделей
● Сравнение максимального правдоподобия — log — likelihood + AIC
Лекция: использование филогенетических деревьев для детектирования горизонтального переноса в бактериях
● tree of life vs web of life, понятие и механизмы горизонтального переноса, примеры
● Пайплайн для детектирования переноса в бактериях: reciprocal blast, orthology clustering, sequence re-arrangement, massive re-alignment, tree reconstruction, model testing, GC content, synteny blocks detection
● Фокус на реконструкции филогений и тестировании моделей
● Расчет максимального правдоподобия для деревьев
● Методы поиска топологий
● Методы оптимизации длин ветвей и эволюционных моделей
● Основные типы эволюционных моделей
● Сравнение максимального правдоподобия — log — likelihood + AIC
21:00 - 22:00
Тренинг
● Введение в особенности группы протеобактерий
● Особенности генов, ответственных за разложения мышьяка, и важность видов, способных к разложению
● Построение деревьев для нескольких генов
● Тестирование и сравнение моделей
● Выбор оптимальной модели
● Визуализация полученных топологий
● Обсуждение результатов и заключение
Тренинг
● Введение в особенности группы протеобактерий
● Особенности генов, ответственных за разложения мышьяка, и важность видов, способных к разложению
● Построение деревьев для нескольких генов
● Тестирование и сравнение моделей
● Выбор оптимальной модели
● Визуализация полученных топологий
● Обсуждение результатов и заключение
Тренинг пройдет в тех-хабе Ключ по адресу ул. Рочдельская, 15, стр.17.
10 мин от метро "Краснопресненская" или "Улица 1905 года".
Как добраться:
1. С ул. 1905 г.: под шлагбаум, мимо клубов Jagger, затем Tiffany, пространства «Надежда», направо в нишу за рестораном Touche.
2. С ул. Рочдельской: под шлагбаум напротив АЗС «Лукойл», к клубу StereoDome, затем направо в арку, прямо до надземного перехода между строениями. После него — налево, вдоль длинного двухэтажного здания до конца. Налево в нишу сразу перед рестораном Touche.
10 мин от метро "Краснопресненская" или "Улица 1905 года".
Как добраться:
1. С ул. 1905 г.: под шлагбаум, мимо клубов Jagger, затем Tiffany, пространства «Надежда», направо в нишу за рестораном Touche.
2. С ул. Рочдельской: под шлагбаум напротив АЗС «Лукойл», к клубу StereoDome, затем направо в арку, прямо до надземного перехода между строениями. После него — налево, вдоль длинного двухэтажного здания до конца. Налево в нишу сразу перед рестораном Touche.
Регистрация
Билет онлайн — 300 ₽, на входе — 500 ₽
Если не дойдете — смотрите трансляцию лекции на канале FutureBiotech
Партнеры
