Введение в анализ РНК-секвенирования
В качестве вводной лекции курса мы посвятим эту лекцию обсуждению технологии секвенирования РНК с платформ Illumina и Oxford Nanopore. Мы обсудим, откуда брать данные и рассмотрим этапы планирования эксперимента по транскриптомике. После этой лекции такие жаргонные термины, как проточная ячейка, одноконцевые и парные чтения, индексация, плотность кластеров, библиотека, fastq, ….. будут практически срываться с вашего языка.
Программа первого дня
26 октябряОсобенности секвенирования РНК. Цепь-специфичные наборы, таргетное обогащение.
RIN. Контроль качества образцов. База SRA. Обзор типичного эксперимента DEG. Типы повторностей.
Получение данных из SRA. Введение в Linux. Контроль качества чтений в FastQC/multiqc.
Цели обучения:
Ознакомьтесь с жаргоном RNAseq/HTS (парноконцевые чтения, плотность кластера, fastq, индекс и т. д.)
Понимание технологии Illumina «Секвенирование путем синтеза» (SBS)
Установите приоритеты при планировании эксперимента по секвенированию
Понимание основ подготовки библиотеки к HTS