Управление cookie
Настройки cookie
Выберите, какие cookie вы разрешаете. Обязательные cookie всегда включены — без них сайт не сможет работать корректно. Остальные категории можно включать и отключать в любой момент.
Анализ
NGS-данных
Теперь в онлайн-формате!
Научитесь анализировать и интерпретировать NGS-данные — от QC до single cell — и перестаньте зависеть от биоинформатиков
26 января - 5 апреля
Хочешь поучаствовать в бесплатной и интенсивной неделе предобучения по NGS?
низкая цена раннего бронирования до 12 января
вт, чт 19:00-21:00 вс 12:00-14:00
Вы на выходе делаете реальный проект — не просто теория, а 112 часов практики
Поддержка от кураторов + преподаватели — практикующие биоинформатики. Вы больше не останетесь один
Удостоверение государственного образца о повышении квалификации.
Лицензия №Л035-01298-77/00621654 от 18.10.2022
Лицензия №Л035-01298-77/00621654 от 18.10.2022
Выдаем доступ к реальному серверу – можете отрабатывать полученные знания на реальных данных
Официальный диплом о повышении квалификации
Этот курс для вас, если…
Вам нужно понимать, что реально происходит с данными, чтобы не слиться на рецензии
У вас есть данные, но вы не знаете, с чего начать
Вы устали ждать, когда биоинформатик найдет время на ваш проект
Вы хотите публиковаться быстрее и увереннее
Вы хотите перейти на новый карьерный уровень — от «просто биолога» к «биоинформатику»
Кому подойдёт курс
Для освоения курса нужны знания по молекулярной биологии, и желательно иметь базовые навыки в статистике и языках программирования bash, Python и R.
Мы предоставим материалы для подготовки заранее, начните готовиться к курсу бесплатно уже сейчас: начать учиться
Студентам, аспирантам и постдокам
Научным сотрудникам всех уровней
Молекулярным биологам, биотехнологам, химикам
Врачам-клиницистам, онкологам, лаборантам-исследователям
Биоинформатикам и программистам
Чему я научусь?
Станете более уверенным пользователем bash, R и Python
Будете спокойно заходить на сервер. Узнаете про ключевые базы данных, программы и пакеты
Новые навыки станут универсальной «страховкой», если вам внезапно понадобится переехать или найти новую работу в будущем
Отработаете знания на проектах, которые улучшат ваше резюме
Систематизируете знания о последних технологиях секвенирования
Научитесь обрабатывать риды, собирать и аннотировать геномы, строить филогенетические деревья, идентифицировать структурные варианты и многое другое
Освоите запуск пайплайнов и череды команд и программ
Сможете самостоятельно оценивать ход своей работы и отлавливать ошибки
Более 2000 человек уже обучились на наших курсах. Мы постоянно исследуем новые форматы, держим руку на пульсе, используем современные методики обучения и заботимся о своих слушателях. Во время курса вас будет поддерживать команда преподавателей, учебных ассистентов и куратор. Они готовы помочь вам с любыми вопросами. Вас также ждёт большое сообщество участников. Это эксперты в различных областях биологии и не только, объединённых одной целью: стать профессионалами в области анализа данных NGS.
Почему нужно учиться у нас
При покупке курса «Анализ NGS данных», вы получите доступ к курсу Экспресс Linux для NGS
Наши преподаватели работают в топовых ВУЗах и постоянно ведут научные исследования. Но это не самое главное. Самое главное, что нам важно выстроить долгие и крепкие отношения с преподавателями. Наше сотрудничество — результат коллаборации, которую мы ценим и выделяем. Многие лекторы преподают только на курсах Бластима, потому что для них это возможность вместе с командой методистов строить самые прогрессивные образовательные продукты
Мы не просто обучаем, а систематизируем знания: от сырых ридов и до конечного результата за счет работы со всеми актуальными инструментами биоинформатики, используемых при анализе NGS
Вас ждет практическая часть с финальным проектом. Вы получите план действий и готовые «рецепты», которые легко применить в работе в дальнейшем или адаптировать под свои данные
На онлайн-занятиях вы сможете учиться из любой точки мира, задавать вопросы голосом «в моменте». Если вы начнёте отставать от группы, учебные онлайн-ассистенты подхватят вас и помогут догнать остальных
За три года мы обучили анализу NGS более 400 человек. Мы следим за вовлечением каждого участника в учебный процесс. А еще мы любим обратную связь и быстро реагируем в ответ на нее. Если вам всё равно тяжело даётся обучение, мы можем сделать возврат денег или предложить бесплатное участие в следующем потоке. Такой подход обеспечивает, что до конца курса доходит 70-80% участников. Пройдя курс, вы получите удостоверение о повышении квалификации государственного образца
Мы покажем, что все решаемо и всему можно научиться! Поможем понять, что биоинформатика — это несложно. Объясним, с чего можно начать, как избежать типичных ошибок, с какими сложностями можно столкнуться и как их преодолеть
Как проходит курс?
Вы можете участвовать онлайн из любой точки мира. Для работы вам нужен только компьютер и доступ в интернет.
Трансляции идут в Личном кабинете. Вы можете задавать вопросы спикеру голосом. Записи видео доступны сразу же после их съёмки.
Онлайн формат
Участники получат доступ к серверу, настроенному под биоинформатические задачи. На сервере будут проходить практические занятия и выполнение проектных работ. Участники получают все изученные на занятии презентации, скрипты и данные.
Преподаватели и учебные ассистенты помогают участникам и в классе, и онлайн в чате Telegram.
Программа курса
Методы NGS
Обзор методов высокопроизводительного секвенирования и особенности пробоподготовки. Современные платформы и их особенности.
Понятие качества чтения. Источники ошибок и особенности чтений, полученных на разных платформах.
QC
Контроль качества результатов секвенирования.
Тримминг, адаптерные последовательности, разбор отчётов FastQC.
FastQC, MultiQC.
Обзор методов высокопроизводительного секвенирования и особенности пробоподготовки. Современные платформы и их особенности.
Понятие качества чтения. Источники ошибок и особенности чтений, полученных на разных платформах.
QC
Контроль качества результатов секвенирования.
Тримминг, адаптерные последовательности, разбор отчётов FastQC.
FastQC, MultiQC.
Сборка генома de novo
Сборка геномов и транскриптомов de novo. Чтение, длина вставки, контиг, скаффолд, покрытие, k-mer, N50.
Выбор платформы и библиотек.
Чем хорошая сборка отличается от плохой. Разбор типовых ошибок.
Практикум на гибридной сборке с данных Illumina и Oxford Nanopore.
Выравнивания/Картирование
Парные выравнивания. Алгоритмы картирования чтений на геном. Программы-картировщики и основные форматы данных, используемые для хранения выравниваний. Терминология картирования. Особенности парных чтений. Влияние референса.
Сборка геномов и транскриптомов de novo. Чтение, длина вставки, контиг, скаффолд, покрытие, k-mer, N50.
Выбор платформы и библиотек.
Чем хорошая сборка отличается от плохой. Разбор типовых ошибок.
Практикум на гибридной сборке с данных Illumina и Oxford Nanopore.
Выравнивания/Картирование
Парные выравнивания. Алгоритмы картирования чтений на геном. Программы-картировщики и основные форматы данных, используемые для хранения выравниваний. Терминология картирования. Особенности парных чтений. Влияние референса.
Выравнивания/Картирование
Парные выравнивания. Алгоритмы картирования чтений на геном. Программы-картировщики и основные форматы данных, используемые для хранения выравниваний. Терминология картирования. Особенности парных чтений. Влияние референса.
Аннотация генома
Аннотация генома. Поиск белок-кодирующих генов. Функциональная аннотация по гомологии, выявление консервативных доменов.
Поиск структурных вариаций
Поиск структурных вариантов (SNV-calling). Обзор основных принципов. Формат VCF. Описание типичного протокола поиска однонуклеотидных полиморфизмов.
Использование freebayes и bcftools.
Анализ полученных вариаций, фильтрация, работа с вариантами.
Парные выравнивания. Алгоритмы картирования чтений на геном. Программы-картировщики и основные форматы данных, используемые для хранения выравниваний. Терминология картирования. Особенности парных чтений. Влияние референса.
Аннотация генома
Аннотация генома. Поиск белок-кодирующих генов. Функциональная аннотация по гомологии, выявление консервативных доменов.
Поиск структурных вариаций
Поиск структурных вариантов (SNV-calling). Обзор основных принципов. Формат VCF. Описание типичного протокола поиска однонуклеотидных полиморфизмов.
Использование freebayes и bcftools.
Анализ полученных вариаций, фильтрация, работа с вариантами.
Поиск структурных вариаций
Поиск структурных вариантов (SNV-calling). Обзор основных принципов. Формат VCF. Описание типичного протокола поиска однонуклеотидных полиморфизмов.
Использование freebayes и bcftools.
Анализ полученных вариаций, фильтрация, работа с вариантами.
Филогенетика
Основы филогенетического анализа.
Множественные выравнивания.
Построение филогенетического дерева.
Поиск структурных вариантов (SNV-calling). Обзор основных принципов. Формат VCF. Описание типичного протокола поиска однонуклеотидных полиморфизмов.
Использование freebayes и bcftools.
Анализ полученных вариаций, фильтрация, работа с вариантами.
Филогенетика
Основы филогенетического анализа.
Множественные выравнивания.
Построение филогенетического дерева.
Практика по WGS на примере анализа Y хромосомы и митохондрии человека
Выравнивание коротких прочтений на митохондриальный геном и Y - хромосому, SNV- calling c использованием программ GATK в режиме гаплоидного вызова. Определение гаплогруппы образцов по Y и MT (Y-LineangTracker, HaploGrep).
Филогенетический анализ и расчет времени коалесценции (время разделения веток) по SNP Y-хромосомы. Анализ Y STR (коротких тандемных повторов), сетевой анализ и расчет возраста общего предка, сопоставление его с результатами расчета времени коалесценции (Y-LineangTracker).
Аннотация патологических вариантов с митохондриальной ДНК (annovar) и анализ гетероплазмий (соматический и внутриклеточный мозаицизм).
Выравнивание коротких прочтений на митохондриальный геном и Y - хромосому, SNV- calling c использованием программ GATK в режиме гаплоидного вызова. Определение гаплогруппы образцов по Y и MT (Y-LineangTracker, HaploGrep).
Филогенетический анализ и расчет времени коалесценции (время разделения веток) по SNP Y-хромосомы. Анализ Y STR (коротких тандемных повторов), сетевой анализ и расчет возраста общего предка, сопоставление его с результатами расчета времени коалесценции (Y-LineangTracker).
Аннотация патологических вариантов с митохондриальной ДНК (annovar) и анализ гетероплазмий (соматический и внутриклеточный мозаицизм).
РНК-секвенирование
Введение. Контроль качества. Fastqc, multiqc. Тримминг и фильтрация ридов. Картирование STAR. Сборка транскриптов. Stringtie. Квантификация (htseq-count, stringtie, etc).
Проверка самосогласованности: корреляционная тепловая карта, PCA/MDS, поправка на множественные сравнения. Batch effect, поиск выбросов. Линейные модели, дизайн экспериментов, нормализация.
Дифференциальная экспрессия (edgeR, DESeq2), дифференциальный сплайсинг, функциональный анализ (WebGestalt, clusterProfiler). Визуализация данных RNA-seq в IGV и при помощи R. Анализ коэкспрессии генов (WGCNA).
Введение. Контроль качества. Fastqc, multiqc. Тримминг и фильтрация ридов. Картирование STAR. Сборка транскриптов. Stringtie. Квантификация (htseq-count, stringtie, etc).
Проверка самосогласованности: корреляционная тепловая карта, PCA/MDS, поправка на множественные сравнения. Batch effect, поиск выбросов. Линейные модели, дизайн экспериментов, нормализация.
Дифференциальная экспрессия (edgeR, DESeq2), дифференциальный сплайсинг, функциональный анализ (WebGestalt, clusterProfiler). Визуализация данных RNA-seq в IGV и при помощи R. Анализ коэкспрессии генов (WGCNA).
Эпигенетика
Эпигенетика. Метилирование ДНК, связь с экспрессией генов
Стратегии NGS для изучения метилирования
Бисульфитная конверсия
Пайплайн обработки данных бисульфитного секвенирования, стандарты и особенности
Расчет профилей метилирования образцов
Дифференциальное метилирование
Эпигенетика. Метилирование ДНК, связь с экспрессией генов
Стратегии NGS для изучения метилирования
Бисульфитная конверсия
Пайплайн обработки данных бисульфитного секвенирования, стандарты и особенности
Расчет профилей метилирования образцов
Дифференциальное метилирование
Метагеномика и нанопоровое секвенирование
Особенности нанопорового секвенирования, многообразие платформ, специфические ошибки, характерные для метода. Биоинформатическая обработка нанопоровых прочтений: расшифровка сырого сигнала, демультиплекс и удаление адаптеров при помощи Dorado, оценка качества прочтений. Использование нанопоровых прочтений в сборках геномов, метагеномике, транскриптомике (minimap2, kraken2, flye, medaka, epi2me).
Методы профилирования состава микробиома на основании NGS. Ампликонное и shotgun (WGS) секвенирование. Референсные базы данных (SILVA, GreenGenes, RDP).
Предобработка ридов и таксономическая классификация 16S рРНК/ITS данных (QIIME2, DADA2, Deblur).
Определение состава сообщества по shotgun-метагеномам: от кладоспецифичных маркеров (MetaPhlAn2) до анализа MAG (MetaBat2).
Предсказание метаболического потенциала по 16S рРНК данным (PICRUSt, Tax4fun, FAPROTAX).
Особенности статистической обработки данных по составу микробиоты: разреженность (виды нулей в таблице представленностей, замена на псевдо-отсчеты, GBM и пакет zCompositions в R), композиционность (alr-, clr- и ilr- преобразования, методы philr, selbal, gneiss, DBA, amalgam).
Альфа- и бета-разнообразие: метрики (chao1, Shannon, UniFrac, Bray-Curtis, Aitchison distance), визуализация (MDS, PCoA).
Особенности нанопорового секвенирования, многообразие платформ, специфические ошибки, характерные для метода. Биоинформатическая обработка нанопоровых прочтений: расшифровка сырого сигнала, демультиплекс и удаление адаптеров при помощи Dorado, оценка качества прочтений. Использование нанопоровых прочтений в сборках геномов, метагеномике, транскриптомике (minimap2, kraken2, flye, medaka, epi2me).
Методы профилирования состава микробиома на основании NGS. Ампликонное и shotgun (WGS) секвенирование. Референсные базы данных (SILVA, GreenGenes, RDP).
Предобработка ридов и таксономическая классификация 16S рРНК/ITS данных (QIIME2, DADA2, Deblur).
Определение состава сообщества по shotgun-метагеномам: от кладоспецифичных маркеров (MetaPhlAn2) до анализа MAG (MetaBat2).
Предсказание метаболического потенциала по 16S рРНК данным (PICRUSt, Tax4fun, FAPROTAX).
Особенности статистической обработки данных по составу микробиоты: разреженность (виды нулей в таблице представленностей, замена на псевдо-отсчеты, GBM и пакет zCompositions в R), композиционность (alr-, clr- и ilr- преобразования, методы philr, selbal, gneiss, DBA, amalgam).
Альфа- и бета-разнообразие: метрики (chao1, Shannon, UniFrac, Bray-Curtis, Aitchison distance), визуализация (MDS, PCoA).
Анализ данных секвенирования единичных клеток (scRNA-Seq)
Общая схема экспериментов scRNA-Seq и snRNA-Seq
Дорожная карта анализа scRNA-Seq в scanpy
Полный цикл от .h5ad файла до готового AnnData объекта:
контроль качества (scanpy & scrublet)
нормализация данных и контроль дисперсии
батч-коррекция (scVI, harmony, bbknn, netrd)
кластеризация
подходы к клеточной аннотации (label-transfer, cluster-based, Marker- genes cell identity)
Рассматриваемые методы:
1) композиционный анализ (Milo, scCODA)
2) дифференциальная экспрессия
3) оценка клеточных пертурбаций (augur)
4) поиск генных модулей (hotspot)
5) оценка обогащения генных сигнатур (gseapy, blitzgsea)
6) генные регуляторные сети (celloracle)
7) лиганд-рецепторные взаимодействия (liana, cell2cell tensor)
Общая схема экспериментов scRNA-Seq и snRNA-Seq
Дорожная карта анализа scRNA-Seq в scanpy
Полный цикл от .h5ad файла до готового AnnData объекта:
контроль качества (scanpy & scrublet)
нормализация данных и контроль дисперсии
батч-коррекция (scVI, harmony, bbknn, netrd)
кластеризация
подходы к клеточной аннотации (label-transfer, cluster-based, Marker- genes cell identity)
Рассматриваемые методы:
1) композиционный анализ (Milo, scCODA)
2) дифференциальная экспрессия
3) оценка клеточных пертурбаций (augur)
4) поиск генных модулей (hotspot)
5) оценка обогащения генных сигнатур (gseapy, blitzgsea)
6) генные регуляторные сети (celloracle)
7) лиганд-рецепторные взаимодействия (liana, cell2cell tensor)
Стоимость курса и варианты оплаты
Физические лица
Юридические лица
Низкая цена раннего бронирования до 12 января:
Беспроцентная рассрочка на 12 месяцев
Бронь места по частичной оплате. Забронируйте место на курсе и цену по предоплате 10 000 руб. Доплата перед стартом обучения
Для студентов дневных и вечерних отделений бакалавриата, магистратуры и специалитета предоставляется скидка 30% (промокод STUDENTNGS30)*
*Цена действительна до 26.01.2024
Для аспирантов — 10% (промокод ASPIRANT10)*
Полная оплата 84 900 руб.
Скидка при оплате более чем за 3 места
/
/ 6 2420 руб. в месяц
74 900 руб.
78 000 руб.*
*Мы попросим справку из деканата или фото студенческого. Скопируйте промокод для оплаты
Бесплатная консультация
Если у вас остались вопросы, оставьте заявку на бесплатную консультацию
Преподаватели курса
Отзывы о курсе
Курсы, которые могут вам подойти