Бесплатный вебинар
26 июля, 13:00 (Мск)
1 час, онлайн, общение в чате
«PLINK «глючит»? ROH-анализ — как китайская грамота?
На бесплатном вебинаре покажем, как делать анализ без ошибок.
На бесплатном вебинаре покажем, как делать анализ без ошибок.
Как биоинформатика решает реальные задачи в животноводстве
«Каждый второй запуск PLINK заканчивается ошибкой»
Вы селекционер/генетик, который тратит часы на поиск «волшебной» команды в форумах
Идеально подходит для биологов, зоотехников, селекционеров, студентов агровузов, сотрудников племенных хозяйств и НИИ
«Потратили много денег на генотипирование, а результаты нельзя использовать»
Вы владелец хозяйства, данные о животных которого лежат мертвым грузом из-за ошибок в анализе
Кому будет интересен вебинар?
Кейс «Нашли поддельного отца»
Оценка инбридинга по SNP
Простая логика родства
Узнайте, что можно определить
по генотипу животного, разберите реальные кейсы и познакомьтесь
с инструментами курса
по генотипу животного, разберите реальные кейсы и познакомьтесь
с инструментами курса
PLINK не запускается
Каждый второй запуск PLINK заканчивается ошибкой 'command not found' или загадочными сообщениями о missing genotype data. Вы тратите часы на поиск в форумах, но решения для животных данных найти сложнее, чем для человеческих."
Знакомые проблемы?
Мы понимаем боли специалистов в области генетики животных
ROH-анализ как черный ящик
Получили результаты микросателлитного анализа, но не знаете, как правильно интерпретировать пики и что делать с сомнительными данными
Коллеги не понимают ваши результаты
Ваш отчет со значимыми SNP ничего не говорит руководству. Приходится вручную переводить статистику в понятные признаки и рисовать упрощенные графики - иначе вас просто не воспринимают.
Застряли с импутацией
Данные неполные, нужно восстановить пропущенные генотипы, но все туториалы на английском и для человеческих данных
Готовые инструменты и скрипты для работы
Структурированная программа
Преподаватель уже изучил необходимые статьи и расскажет главное
Опыт эксперта
Работа с реальными данными и персональная обратная связь
Практические проекты
Чат с преподавателем и группой для решения сложных вопросов
Поддержка сообщества
Если хочется чего-то большего, чем просто вебинар:
Анализ генетических данных животных
Практико-ориентированный курс с реальными кейсами
Нет аналогов на рынке
Почему наш курс уникален?
Практико-ориентированный подход
Опыт передовых специалистов
Переход на удаленную работу с генетическими данными
Стурктура курса по неделям
Разбор файлов: Как выглядит VCF/PED? Открываем в Excel и Notepad++.
Практика: Запуск PLINK через графический интерфейс (Galaxy или местный аналог).
Разбор ошибок: Почему возникает «command not found» и как это исправить.
Практика: Запуск PLINK через графический интерфейс (Galaxy или местный аналог).
Разбор ошибок: Почему возникает «command not found» и как это исправить.
FastQC (графическая версия) — проверка качества.
Excel-шаблоны для фильтрации по глубине покрытия и частоте аллелей.
Практика: Отчет о качестве своих данных с пометками «хорошо/плохо».
Excel-шаблоны для фильтрации по глубине покрытия и частоте аллелей.
Практика: Отчет о качестве своих данных с пометками «хорошо/плохо».
Готовые настройки PLINK.
Как читать результаты:
Примеры ROH-отчетов с пояснениями: «Этот сегмент — артефакт, этот — реальный».
Практика: Анализ своих данных с выводом: «Есть ли инбридинг?».
Как читать результаты:
Примеры ROH-отчетов с пояснениями: «Этот сегмент — артефакт, этот — реальный».
Практика: Анализ своих данных с выводом: «Есть ли инбридинг?».
Beagle/Minimac в GUI
Проверка качества
Практика: Импутация своего набора данных.
Проверка качества
Практика: Импутация своего набора данных.
BlueSeq и аналоги.
Интерпретация данных.
Практика:Расчет индексов для своего поголовья
Интерпретация данных.
Практика:Расчет индексов для своего поголовья
Excel/PPT для графиков (Manhattan, ROH-карты).
Онлайн-инструменты (PhenoGram).
Практика: Создание отчетов, формулирование выводов.
Онлайн-инструменты (PhenoGram).
Практика: Создание отчетов, формулирование выводов.
Работа с bash-скриптами.
Практика: Автоматический QC набора данных.
Практика: Автоматический QC набора данных.
Анализ своих данных от начала до конца (с поддержкой).
Вы умеете то, что не могут многие: интерпритировать животные данные
без шаблонных ошибок
без шаблонных ошибок
К Вам идут не с проблемами («PLINK снова завис»),
а за готовыми решениями
а за готовыми решениями
Вы начнете писать скрипты, которые делают за вас 60% рутинной работы
Ваши исследования публикуют, потому что Вы умеете подавать сложные данные просто и убедительно
Вы тратите время
не на борьбу с программой, а на научные открытия
не на борьбу с программой, а на научные открытия
Пропущенные данные больше не пугают, тк вы знаете точный алгоритм их восстановления
Чему вы научитесь
После курса вы начнете смотреть на геномные данные иначе
Беликова Ангелина
Ветеринарный врач-генетик, руководитель биоинформатического отдела молекулярно-генетической лаборатории СПбГУВМ.
- Геномика сельскохозяйственных животных
- GWAS (полногеномный поиск ассоциаций)
- Применение машинного обучения (ML) в генетике
Область интересов
Профессиональный опыт
- Более 4 лет преподавания (лекции и практические курсы по ветеринарной генетике и биоинформатике)
- Научные исследования в области SNP-анализа, селекции КРС и оценки генетических рисков
- Разработка методов анализа больших генетических данных для животноводства
Преподаватель курса
Курсы, которые могут вам подойти