Программа курса
Занятие 1. Что вообще можно узнать из структуры белка
Разберем необходимый минимум структурной биологии: уровни организации белка, домены, активные центры и белковые комплексы. Посмотрим, какую информацию можно получить из трехмерной структуры и как связать ее с биологическим вопросом.
Занятие 2. PDB и экспериментальные структуры
Научимся искать нужную структуру в PDB, выбирать между несколькими доступными структурами, учитывать экспериментальный метод и оценивать основные показатели качества данных.
Занятие 3. Визуализация структуры
Работа с PyMOL / ChimeraX: цепи, домены, лиганды, отдельные остатки, поверхности и расстояния. Научимся готовить понятные изображения структур для анализа и представления результатов.
Домашнее задание
Занятие 4. Сравнение структур
Разберем структурное выравнивание, разные конформации белка и сравнение wild type и mutant. Обсудим, что структурное отличие действительно позволяет заключить о белке, а какие выводы будут слишком смелыми.
Разберем необходимый минимум структурной биологии: уровни организации белка, домены, активные центры и белковые комплексы. Посмотрим, какую информацию можно получить из трехмерной структуры и как связать ее с биологическим вопросом.
Занятие 2. PDB и экспериментальные структуры
Научимся искать нужную структуру в PDB, выбирать между несколькими доступными структурами, учитывать экспериментальный метод и оценивать основные показатели качества данных.
Занятие 3. Визуализация структуры
Работа с PyMOL / ChimeraX: цепи, домены, лиганды, отдельные остатки, поверхности и расстояния. Научимся готовить понятные изображения структур для анализа и представления результатов.
Домашнее задание
Занятие 4. Сравнение структур
Разберем структурное выравнивание, разные конформации белка и сравнение wild type и mutant. Обсудим, что структурное отличие действительно позволяет заключить о белке, а какие выводы будут слишком смелыми.
Занятие 5. Предсказание структуры
Разберемся, как работают AlphaFold и современные модели предсказания структуры, что именно они предсказывают и для каких исследовательских задач их можно использовать.
Домашнее задание
Занятие 6. Как оценивать предсказанную структуру
Научимся работать с pLDDT, PAE и другими confidence metrics, распознавать потенциально неупорядоченные участки и избегать распространенных ошибок при интерпретации предсказанных моделей.
Разберемся, как работают AlphaFold и современные модели предсказания структуры, что именно они предсказывают и для каких исследовательских задач их можно использовать.
Домашнее задание
Занятие 6. Как оценивать предсказанную структуру
Научимся работать с pLDDT, PAE и другими confidence metrics, распознавать потенциально неупорядоченные участки и избегать распространенных ошибок при интерпретации предсказанных моделей.
Занятие 7. От структуры к функции
Разберем активные центры, сайты связывания, мутации, консервативность и структурный контекст функционально значимых остатков.
Занятие 8. Белок–лиганд
Посмотрим, как устроены белок–лигандные взаимодействия: водородные связи, гидрофобные контакты и электростатические взаимодействия. Разберем готовый комплекс и научимся интерпретировать увиденное.
Занятие 9. Докинг как исследовательский инструмент
Пройдем небольшой пайплайн для молекулярного докинга и разберем полученные результаты, изучим возможности метода, его ограничения и место в исследованиях.
Домашнее задание
Занятие 10. Интеграционный кейс
Соберем знания курса в единый пайплайн: от интересующего белка и исходного биологического вопроса до поиска или предсказания структуры, ее проверки, анализа и формулирования структурной гипотезы.
Разберем активные центры, сайты связывания, мутации, консервативность и структурный контекст функционально значимых остатков.
Занятие 8. Белок–лиганд
Посмотрим, как устроены белок–лигандные взаимодействия: водородные связи, гидрофобные контакты и электростатические взаимодействия. Разберем готовый комплекс и научимся интерпретировать увиденное.
Занятие 9. Докинг как исследовательский инструмент
Пройдем небольшой пайплайн для молекулярного докинга и разберем полученные результаты, изучим возможности метода, его ограничения и место в исследованиях.
Домашнее задание
Занятие 10. Интеграционный кейс
Соберем знания курса в единый пайплайн: от интересующего белка и исходного биологического вопроса до поиска или предсказания структуры, ее проверки, анализа и формулирования структурной гипотезы.
Мы специально не пытаемся уместить в одно обучение всю структурную биоинформатику — курс не включает полноценное обучение молекулярной динамике и Drug Design. Главная задача курса — дать компактный, но полноценный набор инструментов, который можно самостоятельно применять в исследовательской работе, но о молекулярной динамике мы кратко расскажем на готовом примере в финальной части курса: что дает MD, когда она может понадобиться исследователю и какую информацию позволяют получить, например, RMSD и RMSF.
Важно: этот курс не о молекулярной динамике
Почему этот курс отлично встраивается в исследовательскую работу?
- Если вы решаете не участвовать за 12 и больше дней до начала курса, мы возвращаем 90% платежа. Если позже — возврат составит 50%.
- Если у вас есть вопросы, вы всегда сможете написать Варваре или Еве в Telegram, а также отправить email: sales@blastim.ru
- Подробнее о возможностях оплаты через интернет-эквайринг, рассрочку, оплату долями можно узнать тут.
Структура белка как инструмент исследователя
Поможем разобраться
Остались вопросы?
Если вы не уверены, подойдет ли вам программа или достаточно ли у вас подготовки, оставьте заявку на консультацию. Мы поможем разобраться с программой, форматом обучения и входными требованиями.
Часто спрашивают
Для прохождения курса не требуется опыт профессиональной работы со структурной биоинформатикой. Желательно понимать базовые принципы молекулярной биологии и биохимии белка: что такое аминокислотная последовательность, структура и функция белка, мутации и белок–лигандные взаимодействия.
Все занятия проходят онлайн. Записи занятий остаются доступными в личном кабинете на год, а все полезные материалы остаются вами навсегда. В течение курса участники смогут задавать вопросы преподавателю и обсуждать задания в учебном чате, а также получат помощь ассистентов во время всего обучения.
Нет. Курс рассчитан в том числе на исследователей, которые раньше не работали со структурной биоинформатикой системно. Мы начнем с базовых инструментов и постепенно перейдем к продвинутому анализу.
Да. Отдельная часть курса посвящена предсказанию структуры и, что особенно важно, оценке качества полученной модели с помощью pLDDT, PAE и других показателей.
Да, мы пройдем небольшой пайплайн, разберем результат и научимся понимать возможности и ограничения метода.
Полноценное обучение молекулярной динамике не входит в программу, но в финальной части курса на готовом примере покажем, какие задачи решает MD и когда она может быть следующим этапом исследования.
После прохождения курса и финального тестирования, вы получите удостоверение о повышении квалификации государственного образца.
*Нужно помнить, что если вы решили перенести обучение, то сертификат не может быть выдан за текущий курс. Если сертификат был получен, но материал был плохо освоен, то вы не сможете воспользоваться опцией переноса
*Нужно помнить, что если вы решили перенести обучение, то сертификат не может быть выдан за текущий курс. Если сертификат был получен, но материал был плохо освоен, то вы не сможете воспользоваться опцией переноса
Поможем разобраться
Остались вопросы? Получите бесплатную консультацию!
Всё для карьеры в биотехе
Удостоверение государственного образца о повышении квалификации.
Лицензия №Л035-01298-77/00621654 от 18.10.2022
Лицензия №Л035-01298-77/00621654 от 18.10.2022
