Анализ NGS-данных


Курс повышения квалификации.
Приглашаем биологов, биоинформатиков и программистов — всех, кому интересно получить опыт работы с NGS-данными.

Даты: 23 — 27 января, 30 января — 3 февраля 2023 года


Очно в Москве или онлайн
В курсе будут рассмотрены основные типы NGS-данных, а также продвинутые технологии — секвенирование единичных клеток и нанопоровое секвенирование. В ближайшем потоке мы добавили блок по аннотации генов и выделили на single-cell RNA-seq два дня.

Мы заранее расспросим о вашем бэкграунде и посоветуем, знания в каких областях следует подтянуть до курса. Однако предварительные знания по молекулярной биологии, статистике, работе в командной строке, опыт программирования на R и Python весьма желательны.

Важно: мы немного изменили программу курса и теперь ожидаем, что у вас есть базовые навыки работы с командной строкой и языками R и Python. Если вы новичок, мы опубликовали методические материалы для знакомства со средой Linux, командной строкой и обучения основам языков R и Python. Подтянуть свои знания также можно на наших курсах по Python и Статистике.
Программа курса
В конце интенсива участников ждёт выпускной домашний проект для закрепления полученных навыков по одной из нескольких тем: сборка и анализ данных полногеномного секвенирования, РНК-секвенирование или single-cell RNA-seq, анализ разнообразия микробных сообществ по 16s рРНК.
В конце курса вы:

Научитесь формулировать задачи биоинформатикам (или самому себе :)), будете представлять, сколько времени и сил требуется для выполнения конкретных задач.

Получите материалы с расшифровкой основных терминов, указанием программ обработки данных и полезными советами по каждой теме

Сможете запускать базовые анализы по современным пайплайнам и будете понимать пользу и ограничения разных разделов NGS
Почему стоит выбрать наш курс?
⁍ Вы будете знать конкретные пайплайны для анализа каждого типа данных.

⁍ Мы расскажем вам о бесплатных пакетах и ключевых базах данных, которые используются в современном научном и индустриальном мире.

⁍ На каждом этапе вы будете понимать с чем работаете и как оценивать качество текущей работы.
⁍ Мы разберем конкретные примеры задач, характерные для каждого типа NGS-данных. В каждой теме вы научитесь с нуля анализировать данные до достижения результата хотя бы для одного частного случая.

⁍ Мы продемонстрируем вам экспертные решения, куда двигаться при различных промежуточных результатах с реальными числовыми значениями.

⁍ Вы получите знания о возможностях обработки данных несколькими способами с рекомендациями, что считать наиболее близким к истинному результату.

⁍ Мы разберем конкретные примеры задач, характерные для каждого типа NGS-данных. В каждой теме вы научитесь с нуля анализировать данные до достижения результата хотя бы для одного частного случая.

⁍ Мы продемонстрируем вам экспертные решения, куда двигаться при различных промежуточных результатах с реальными числовыми значениями.

⁍ Вы получите знания о возможностях обработки данных несколькими способами с рекомендациями, что считать наиболее близким к истинному результату.

⁍ Полноценный онлайн-формат

⁍ Онлайн участники задают вопросы в реальном времени, обсуждают с преподавателями задачи практикума

⁍ Общий чат для всех участников и преподавателей

⁍ Мы предусмотрели онлайн-ассистентов с возможностью персональных консультаций
Преподаватели курса


Евгений Герасимов
Выпускник биофака МГУ, к.б.н., с.н.с. лаборатории геномики простейших кафедры молекулярной биологии Биофака МГУ.
Разработчик ПО T-Aligner.
Степан Тощаков
Выпускник биофака МГУ, генетик, с.н.с. в ФИЦ Биотехнологии РАН, к.б.н.
Вера Одинцова
Выпускница мехмата МГУ,
информатик в Atlas Biomed Group, одна из разработчиков платформы Knomics-Biota.
Ксения Дей
Выпускница Northumbria University (2018, Biotechnology) и НИУ ВШЭ (2021, Анализ данных в биологии и медицине ),

Аналитик Центра Стратегического Планирования Федерального Медико-биологического Агенства (ЦСП ФМБА России)
Наталья Клименко
Выпускница МГТУ им Баумана, биоинформатик в Институте биологии гена и в компании Кномикс.
Александр Тяхт
Выпускник ВМиК МГУ, к.б.н., директор по технологиям в компании Кномикс, зав. группой биоинформатики ИБГ РАН.
Сергей Исаев
Выпускник ФББ МГУ, биоинформатик в BostonGene и НМИЦ эндокринологии
Влад Бабенко
Выпускник биофака МГУ, научный сотрудник лаборатории геномных исследований и вычислительной биологии ФГБУ ФНКЦ физико-химической медицины ФМБА.
Александр Ткаченко
Сотрудник лаборатории Геномного разнообразия ИТМО, сотрудник лаборатории геномной биоинформатики НИИ АГиР им. Отта
Наталья Михеечева
Ведущий биоинформатик BostonGene.
Стоимость обучения:
7 500 или 3 750 р/мес
При оплате в рассрочку от Тинькофф на 6 месяцев или 12 месяцев
45 000 рублей
До 25 ноября при оплате всего курса сразу
70 000 рублей
Для организаций. При участии двух сотрудников стоимость места 65 000 рублей, от трех и более сотрудников — 60 000 рублей
Записаться на курс
Уточнить вопросы по курсу можно у специалиста Виктории:

+7 968 350 90 50
v.volia@blastim.ru
Чем вы занимаетесь?
Нажимая на кнопку вы соглашаетесь с нашей политикой обработки персональных данных и принимаете условия публичной оферты.
Участники и организаторы о курсе
Отзывы

Оргкомитет

Директор Бластима, сооснователь Кситеста
Вита Степанова
Управляющий партнер Бластима
Наталья Мнафки
Руководитель образовательных проектов Бластима

Оксана Коржавина
Куратор курсов Бластима