Python и Linux
для биоинформатики
и биологии
9-дневный практический курс по программированию для начинающих
Для биологов, химиков, врачей и всех, кто хочет перейти на новый уровень обработки данных

Даты проведения: 15 — 19, 22— 25 августа (9 дней)
Формат: очно в Москве или онлайн на выбор
Большинство курсов по программированию предлагают написать учебный чат-бот или мобильное приложение. Мы верим, что биологам и медикам гораздо интереснее задачи про мышей, белки и генетические последовательности.

Курс поможет повысить эффективность работы и автоматизировать рутинные задачи. Наш интенсив по Python и bash вместе с курсом по Статистике и R составляют единый цикл подготовки биологов к работе с данными и биоинформатике, в том числе анализу NGS-данных.
Вас ждет:
— 20 часов практики с преподавателем + 20 часов самостоятельных тренировок с код-ревью;
— практика по bash в реальном окружении на сервере;
— ежедневные лекционные материалы и готовые питоновские тетради с примерами кода с комментариями;
— домашний проект по окончании интенсива для закрепления навыков;
При покупке любого курса из цикла на два других дополнительная скидка по 5%, которую можно суммировать с остальными акциями
Этот курс подойдет, если вы:
Никогда не программировали или делали это давно
Хотите сделать лучше и/или автоматизировать анализ данных
Уже учили основы Python или Linux, но где-то «застряли»
Хотите обучиться популярному языку, который подходит для большинства задач
Только переходите в биоинформатику или меняете работу
Хотите прийти на наш курс по анализу NGS данных подготовленным
Программа
День 1
  • Python - язык для научных исследований.
  • Инструменты для написания кода на Python - Jupyter-Notebook, Jupyter-Lab GoogleColab, Visual Studio Code.
  • Простейшие типы данных и работа с ними. Форматирование выдачи.
  • Строки.
  • Условный оператор if и цикл for.
  • Списки и основы работы с ними.
День 2
  • Продолжение изучение списков. Концепция итерируемых объектов.
  • Словари. Работа с ними и использование в циклах.
  • Кортежи и концепция неизменяемых типов.
  • Основы работы с файлами. Конструкция with.
День 3
  • Модули на примере math, collections, parse.
  • Основы написания своих функций.
  • Аргументы по-умолчанию и особенности работы с ними.
  • Исключения и их использование.
  • Вложенные функции.
День 4
  • Введение в Linux.
  • Что такое сервер?
  • SSH. Подключение к серверу.
  • Основы работы в shell. Базовые команды.
  • Права и как ими управлять. Редактирование файлов на удаленном сервере.
  • Исполняемые файлы, запуск скриптов на Python из командной строки.
  • Модуль sys как способ написание скриптов на Python, взаимодействующих с командной строкой.
День 5
  • Root. Sudo.
  • Grep и egrep.
  • Пайплайны.
  • Nohup, tmux, screen.
  • Как работать с кодом с Github.
  • Переменные окружения, export и модуль os в Python.
День 6
  • Как запустить параллельные вычисления на сервере при помощи bash.
  • Модуль subprocess.
  • Процессы и потоки.
  • Как делать параллельный вычисления в Python. GIL.
  • Введение в ООП.
День 7
  • Магические методы классов.
  • Dataclasses — удобные классы в Python.
  • Biopython.
  • Prody.
  • Pybedtools.
День 8
  • Numpy.
  • Matplotlib.
  • Pandas.
  • Seaborn.
День 9
  • Advanced pandas и альтернативы для данных большого размера.
  • Plotly.
  • Базовая статистика в Python и модуль rpy2.
  • Декораторы.
  • Numba для ускорения вычислений.
  • Что изучать дальше?

Почему именно наш курс?

Курс адаптирован для биологов, врачей и других нетехнических специалистов, у которых нулевой уровень программирования
Практика включает разбор примеров из молекулярной и структурной биологии, а также данных секвенирования с возможностью «пощупать» работу в командной строке на сервере
Формат интенсива помогает эффективно погрузиться в программу. Сразу после курса вы сможете использовать полученные знания и повысить качество своей работы
По окончанию интенсива всех участников ждет мини-проект для тренировки полученных навыков
Построение модели связывания транскрипционного фактора
Автоматическое скачивание биологических данных из сети
Запуск AlphaFold2 и докинга, предварительная обработка результатов
Анализ экспрессионных данных, нахождение выбросов и батч-эффекта
Оценка связи между числом экзонов и изоформ гена человека
Примеры практических тем и кейсов:
После обучения вы сможете:
1
ориентироваться в синтаксисе, читать и писать код на Python и Bash;
2
свободно обращаться с командной строкой и запускать сторонние программы для обработки данных;
3
получать красивые графики и диаграммы со своих данных с помощью Python;
4
настраивать и автоматизировать обработку данных, распараллеливать ее;
5
формировать интерактивные отчеты в формате Jupyter Notebook;
6
осознанно дополнять знания по Python и Bash в намеченных направлениях.
Преподаватели
Преподаватель, автор курса
Старший преподаватель ФББ МГУ, научный сотрудник ИОГен РАН,
автор более 10 курсов
по программированию.
Андрей Сигорских
Преподаватель
Аспирант ФББ МГУ. Научный сотрудник НИИ ФХБ. Преподаватель и соавтор 5 курсов по информатике, биоинформатике и машинному обучению в биологии.
Арсений Зинкевич
Преподаватель
Преподаватель ФББ МГУ, младший научный сотрудник ИОГен РАН, системный аналитик в Insilico Medicine
Полноценный онлайн-вариант
⁍ Онлайн-участники задают вопросы в реальном времени, обсуждают с преподавателями задачи практикума

⁍ Общий чат для всех участников и преподавателей

⁍ Мы предусмотрели онлайн-ассистентов с возможностью персональных консультаций

Подать заявку на курс:


Даты проведения: 15 — 19, 22— 25 августа (9 дней)

Место: м. Алексеевская, Проспект Мира 101 стр. 2.

Время: с 10 до 18 с перерывами на обед и кофе-брейки.

Как вас зовут?
E-mail
Номер телефона
Москва или GMT+3
Очно или онлайн?
Чем вы занимаетесь?
Кодовое слово
(Не обязательно к заполнению)
Нажимая на кнопку вы соглашаетесь с нашей политикой обработки персональных данных и принимаете условия публичной оферты.
Отзывы на предыдущие потоки
Оргкомитет
Директор Бластима, сооснователь Кситеста
Вита Степанова
Генеральный менеджер Бластима
Наталья Мнафки
Организатор курса
Оксана Коржавина
Куратор курсов Бластима

По вопросам о программе и участии

пишите на почту Наталье Мнафки:

n.mnafki@blastim.ru