Python и Linux для биоинформатики и биологии
9-дневный практический курс по программированию для начинающих
Для биологов, химиков, врачей и всех, кто хочет перейти на новый уровень обработки данных
Подать заявку
О курсе


Ближайший поток пройдет ближе к лету
в обновленном формате
Большинство курсов по программированию предлагают написать учебный чат-бот или мобильное приложение. Мы верим, что биологам и медикам гораздо интереснее задачи про мышей, белки и генетические последовательности.

Курс поможет повысить эффективность работы и автоматизировать рутинные задачи. Наш интенсив по Python и bash вместе с курсом по Статистике и R составляют единый цикл подготовки биологов к работе с данными и биоинформатике, в том числе анализу NGS-данных.
Вас ждет:
— 20 часов практики с преподавателем + 20 часов самостоятельных тренировок с код-ревью;
— практика по bash в реальном окружении на сервере;
— ежедневные лекционные материалы и готовые питоновские тетради с примерами кода с комментариями;
— домашний проект по окончании интенсива для закрепления навыков;
При покупке любого курса из цикла на два других дополнительная скидка по 5%, которую можно суммировать с остальными акциями
Этот курс подойдет, если вы:
  • Никогда не программировали или делали это давно
  • Хотите сделать лучше и/или автоматизировать анализ данных
  • Уже учили основы Python или Linux, но где-то «застряли»
  • Хотите обучиться популярному языку, который подходит для большинства задач
  • Только переходите в биоинформатику или меняете работу
  • Хотите прийти на наш курс по анализу NGS данных подготовленным
Программа
День 1
  • Python - язык для научных исследований.
  • Инструменты для написания кода на Python - Jupyter-Notebook, Jupyter-Lab GoogleColab, Visual Studio Code.
  • Простейшие типы данных и работа с ними. Форматирование выдачи.
  • Строки.
  • Условный оператор if и цикл for.
  • Списки и основы работы с ними.
День 2
  • Продолжение изучение списков. Концепция итерируемых объектов.
  • Словари. Работа с ними и использование в циклах.
  • Кортежи и концепция неизменяемых типов.
  • Основы работы с файлами. Конструкция with.
День 3
  • Модули на примере math, collections, parse.
  • Основы написания своих функций.
  • Аргументы по-умолчанию и особенности работы с ними.
  • Исключения и их использование.
  • Вложенные функции.
День 4
  • Введение в Linux.
  • Что такое сервер?
  • SSH. Подключение к серверу.
  • Основы работы в shell. Базовые команды.
  • Права и как ими управлять. Редактирование файлов на удаленном сервере.
  • Исполняемые файлы, запуск скриптов на Python из командной строки.
  • Модуль sys как способ написание скриптов на Python, взаимодействующих с командной строкой.
День 5
  • Root. Sudo.
  • Grep и egrep.
  • Пайплайны.
  • Nohup, tmux, screen.
  • Как работать с кодом с Github.
  • Переменные окружения, export и модуль os в Python.
День 6
  • Как запустить параллельные вычисления на сервере при помощи bash.
  • Модуль subprocess.
  • Процессы и потоки.
  • Как делать параллельный вычисления в Python. GIL.
  • Введение в ООП.
День 7
  • Магические методы классов.
  • Dataclasses — удобные классы в Python.
  • Biopython.
  • Prody.
  • Pybedtools.
День 8
  • Numpy.
  • Matplotlib.
  • Pandas.
  • Seaborn.
День 9
  • Advanced pandas и альтернативы для данных большого размера.
  • Plotly.
  • Базовая статистика в Python и модуль rpy2.
  • Декораторы.
  • Numba для ускорения вычислений.
  • Что изучать дальше?

Почему именно наш курс?

  • Курс адаптирован для биологов, врачей и других нетехнических специалистов, у которых нулевой уровень программирования
  • Практика включает разбор примеров из молекулярной и структурной биологии, а также данных секвенирования с возможностью «пощупать» работу в командной строке на сервере
  • Формат интенсива помогает эффективно погрузиться в программу. Сразу после курса вы сможете использовать полученные знания и повысить качество своей работы
  • По окончанию интенсива всех участников ждет мини-проект для тренировки полученных навыков
Построение модели связывания транскрипционного фактора
Автоматическое скачивание биологических данных из сети
Запуск AlphaFold2 и докинга, предварительная обработка результатов
Анализ экспрессионных данных, нахождение выбросов и батч-эффекта
Оценка связи между числом экзонов и изоформ гена человека
Примеры практических тем и кейсов:
После обучения вы сможете:
  • 1
    ориентироваться в синтаксисе, читать и писать код на Python и Bash;
  • 2
    свободно обращаться с командной строкой и запускать сторонние программы для обработки данных;
  • 3
    получать красивые графики и диаграммы со своих данных с помощью Python;
  • 4
    настраивать и автоматизировать обработку данных, распараллеливать ее;
  • 5
    формировать интерактивные отчеты в формате Jupyter Notebook;
  • 6
    осознанно дополнять знания по Python и Bash в намеченных направлениях.
Преподаватели
  • Дмитрий Пензар
    Преподаватель, автор курса
    Старший преподаватель ФББ МГУ, научный сотрудник ИОГен РАН,
    автор более 10 курсов
    по программированию.
  • Андрей Сигорских
    Преподаватель
    Аспирант ФББ МГУ. Научный сотрудник НИИ ФХБ. Преподаватель и соавтор 5 курсов по информатике, биоинформатике и машинному обучению в биологии.
  • Арсений Зинкевич
    Преподаватель
    Преподаватель ФББ МГУ, младший научный сотрудник ИОГен РАН, системный аналитик в Insilico Medicine
Полноценный онлайн-вариант
⁍ Онлайн-участники задают вопросы в реальном времени, обсуждают с преподавателями задачи практикума

⁍ Общий чат для всех участников и преподавателей

⁍ Мы предусмотрели онлайн-ассистентов с возможностью персональных консультаций

Оставить заявку:


Мы планируем новый поток в мае 2023 года в обновленном формате

(Не обязательно к заполнению)
Отзывы на предыдущие потоки
Оргкомитет
Директор Бластима, сооснователь Кситеста
Вита Степанова
Генеральный менеджер Бластима
Наталья Мнафки
Руководитель образовательных программ и партнер Бластима
Оксана Коржавина
Куратор курсов Бластима

По вопросам о программе и участии

пишите на почту Наталье Мнафки:

n.mnafki@blastim.ru