Python и Linux
для биоинформатики
и биологии
6-дневный практический курс по программированию для начинающих
Для биологов, химиков, врачей и всех, кто хочет перейти на новый уровень обработки данных

Даты проведения: 27 сентября — 2 октября 2021
Формат: очно или онлайн на выбор
Место проведения: Большая Татарская д. 35, стр. 7-9
Большинство курсов по программированию предлагают написать учебный чат-бот или мобильное приложение. Мы верим, что биологам и медикам гораздо интереснее задачи про мышей, белки и генетические последовательности.

Курс поможет повысить эффективность работы и автоматизировать рутинные задачи. Наш интенсив по Python и bash вместе с курсом по Статистике и R составляют единый цикл подготовки биологов к работе с данными и биоинформатике, в том числе анализу NGS-данных.
Вас ждет:
— 20 часов практики с преподавателем + 20 часов самостоятельных тренировок с код-ревью;
— практика по bash в реальном окружении на сервере;
— ежедневные лекционные материалы и готовые питоновские тетради с примерами кода с комментариями;
— домашний проект по окончании интенсива для закрепления навыков;
При покупке любого курса из цикла на два других дополнительная скидка по 5%, которую можно суммировать с остальными акциями
Этот курс подойдет, если вы:
Никогда не программировали или делали это давно
Хотите сделать лучше и/или автоматизировать анализ данных
Уже учили основы Python или Linux, но где-то «застряли»
Хотите обучиться популярному языку, который подходит для большинства задач
Только переходите в биоинформатику или меняете работу
Хотите прийти на наш курс по анализу NGS данных подготовленным
Программа
День 1
  • Знакомство с Linux;
  • Командная строка, базовые операции в bash
  • Работа с вводом/выводом в bash. Пайплайны
  • Работа со сторонними CLI-программами в bash
День 2
  • Sed, awk
  • Написание простых скриптов на bash
  • Запуск параллельных вычислений в bash
День 3
  • Обзор Python как языка для научных исследований. Jupyter-Notebook
  • Простейшие типы данных и действия с ними
  • Форматирование выдачи (f-strings)
  • Условные операторы, циклы
  • Списки, кортежи, словари
День 4
  • Работа с файлами
  • Модули на примере math, sys, collections
  • Исключения
  • List comprehensions и введение в генераторы
День 5
  • Написание своих функций
  • Параллельные вычисления в python 
  • Numpy и matplotlib
День 6
  • Pandas и seaborn
  • Plotly
  • Обзор пакетов для работы с биологическими данными. Biopython, prody, pybedtools

Почему именно наш курс?


Курс адаптирован для биологов, врачей и других нетехнических специалистов, у которых нулевой уровень программирования

Практика включает разбор примеров из молекулярной и структурной биологии, а также данных секвенирования с возможностью «пощупать» работу в командной строке на сервере

Формат интенсива помогает эффективно погрузиться в программу. Сразу после курса вы сможете использовать полученные знания и повысить качество своей работы

По окончанию интенсива всех участников ждет мини-проект для тренировки полученных навыков
Построение модели связывания транскрипционного фактора
Автоматическое скачивание биологических данных из сети
Запуск AlphaFold2 и докинга, предварительная обработка результатов
Анализ экспрессионных данных, нахождение выбросов и батч-эффекта
Оценка связи между числом экзонов и изоформ гена человека
Примеры практических тем и кейсов:
После обучения вы сможете:
1
ориентироваться в синтаксисе, читать и писать код на Python и Bash;
2
свободно обращаться с командной строкой и запускать сторонние программы для обработки данных;
3
получать красивые графики и диаграммы со своих данных с помощью Python;
4
настраивать и автоматизировать обработку данных, распараллеливать ее;
5
формировать интерактивные отчеты в формате Jupyter Notebook;
6
осознанно дополнять знания по Python и Bash в намеченных направлениях.
Преподаватели
Преподаватель
Старший преподаватель ФББ МГУ, научный сотрудник ИОГен РАН,
автор более 10 курсов
по программированию
Игорь Дианкин
Технический ассистент
Аспирант ФББ МГУ,
преподаватель Университета Сириус,
научный сотрудник НИИ ФХБ
Арсений Зинкевич
Технический ассистент
Преподаватель ФББ МГУ, младший научный сотрудник ИОГен РАН, системный аналитик в Insilico Medicine
Полноценный онлайн-вариант
⁍ Онлайн-участники задают вопросы в реальном времени, обсуждают с преподавателями задачи практикума

⁍ Общий чат для всех участников и преподавателей

⁍ Мы предусмотрели онлайн-ассистентов с возможностью персональных консультаций

Стоимость участия:

40 000 рублей — для самостоятельных участников.
50 000 рублей — для представителей юридических лиц.

Для студентов дневных и вечерних отделений бакалавриата, магистратуры и специалитета скидка 25%
(стоимость со скидкой 30 000 рублей). Мы попросим сообщить название вуза, телефон деканата и контактное лицо.

Даты проведения: с 27 сентября по 2 октября, занятия будут проходить с 10 до 18.
Место проведения: Большая Татарская д. 35, стр. 7-9
Как вас зовут?
E-mail
Номер телефона
Очно или онлайн?
Кодовое слово
(Не обязательно к заполнению)
При записи вы соглашаетесь на обработку персональных данных и c политикой конфиденциальности
Договор оферты для физлиц
Договор оферты для юрлиц
Отзывы на предыдущие потоки
Оргкомитет
Директор Бластима, сооснователь Кситеста
Вита Степанова
Генеральный менеджер Бластима
Наталья Мнафки
Организатор курса
Ольга Стукалова
Руководитель проектов Science Media Projects

На наших курсах соблюдают правила безопасности: участники из разных лабораторий сидят по одному, ТА и организаторы носят маски, регулярно обрабатывают руки и предметы антисептиком.

По вопросам о программе и участии

пишите на почту Наталье Мнафки:

n.mnafki@blastim.ru