Python и Linux
для биоинформатики
и биологии
9-дневный практический курс по программированию для начинающих
Для биологов, химиков, врачей и всех, кто хочет перейти на новый уровень обработки данных

Ближайший поток пройдет летом
в обновленном формате
Большинство курсов по программированию предлагают написать учебный чат-бот или мобильное приложение. Мы верим, что биологам и медикам гораздо интереснее задачи про мышей, белки и генетические последовательности.

Курс поможет повысить эффективность работы и автоматизировать рутинные задачи. Наш интенсив по Python и bash вместе с курсом по Статистике и R составляют единый цикл подготовки биологов к работе с данными и биоинформатике, в том числе анализу NGS-данных.
Вас ждет:
— 20 часов практики с преподавателем + 20 часов самостоятельных тренировок с код-ревью;
— практика по bash в реальном окружении на сервере;
— ежедневные лекционные материалы и готовые питоновские тетради с примерами кода с комментариями;
— домашний проект по окончании интенсива для закрепления навыков;
При покупке любого курса из цикла на два других дополнительная скидка по 5%, которую можно суммировать с остальными акциями
Этот курс подойдет, если вы:
  • Никогда не программировали или делали это давно
  • Хотите сделать лучше и/или автоматизировать анализ данных
  • Уже учили основы Python или Linux, но где-то «застряли»
  • Хотите обучиться популярному языку, который подходит для большинства задач
  • Только переходите в биоинформатику или меняете работу
  • Хотите прийти на наш курс по анализу NGS данных подготовленным
Программа
  • День 1
    • Python - язык для научных исследований.
    • Инструменты для написания кода на Python - Jupyter-Notebook, Jupyter-Lab GoogleColab, Visual Studio Code.
    • Простейшие типы данных и работа с ними. Форматирование выдачи.
    • Строки.
    • Условный оператор if и цикл for.
    • Списки и основы работы с ними.
  • День 2
    • Продолжение изучение списков. Концепция итерируемых объектов.
    • Словари. Работа с ними и использование в циклах.
    • Кортежи и концепция неизменяемых типов.
    • Основы работы с файлами. Конструкция with.
  • День 3
    • Модули на примере math, collections, parse.
    • Основы написания своих функций.
    • Аргументы по-умолчанию и особенности работы с ними.
    • Исключения и их использование.
    • Вложенные функции.
  • День 4
    • Введение в Linux.
    • Что такое сервер?
    • SSH. Подключение к серверу.
    • Основы работы в shell. Базовые команды.
    • Права и как ими управлять. Редактирование файлов на удаленном сервере.
    • Исполняемые файлы, запуск скриптов на Python из командной строки.
    • Модуль sys как способ написание скриптов на Python, взаимодействующих с командной строкой.
  • День 5
    • Root. Sudo.
    • Grep и egrep.
    • Пайплайны.
    • Nohup, tmux, screen.
    • Как работать с кодом с Github.
    • Переменные окружения, export и модуль os в Python.
  • День 6
    • Как запустить параллельные вычисления на сервере при помощи bash.
    • Модуль subprocess.
    • Процессы и потоки.
    • Как делать параллельный вычисления в Python. GIL.
    • Введение в ООП.
  • День 7
    • Магические методы классов.
    • Dataclasses — удобные классы в Python.
    • Biopython.
    • Prody.
    • Pybedtools.
  • День 8
    • Numpy.
    • Matplotlib.
    • Pandas.
    • Seaborn.
  • День 9
    • Advanced pandas и альтернативы для данных большого размера.
    • Plotly.
    • Базовая статистика в Python и модуль rpy2.
    • Декораторы.
    • Numba для ускорения вычислений.
    • Что изучать дальше?

Почему именно наш курс?

  • Курс адаптирован для биологов, врачей и других нетехнических специалистов, у которых нулевой уровень программирования
  • Практика включает разбор примеров из молекулярной и структурной биологии, а также данных секвенирования с возможностью «пощупать» работу в командной строке на сервере
  • Формат интенсива помогает эффективно погрузиться в программу. Сразу после курса вы сможете использовать полученные знания и повысить качество своей работы
  • По окончанию интенсива всех участников ждет мини-проект для тренировки полученных навыков
Построение модели связывания транскрипционного фактора
Автоматическое скачивание биологических данных из сети
Запуск AlphaFold2 и докинга, предварительная обработка результатов
Анализ экспрессионных данных, нахождение выбросов и батч-эффекта
Оценка связи между числом экзонов и изоформ гена человека
Примеры практических тем и кейсов:
После обучения вы сможете:
  • 1
    ориентироваться в синтаксисе, читать и писать код на Python и Bash;
  • 2
    свободно обращаться с командной строкой и запускать сторонние программы для обработки данных;
  • 3
    получать красивые графики и диаграммы со своих данных с помощью Python;
  • 4
    настраивать и автоматизировать обработку данных, распараллеливать ее;
  • 5
    формировать интерактивные отчеты в формате Jupyter Notebook;
  • 6
    осознанно дополнять знания по Python и Bash в намеченных направлениях.
Преподаватели
  • Преподаватель, автор курса
    Старший преподаватель ФББ МГУ, научный сотрудник ИОГен РАН,
    автор более 10 курсов
    по программированию.
  • Андрей Сигорских
    Преподаватель
    Аспирант ФББ МГУ. Научный сотрудник НИИ ФХБ. Преподаватель и соавтор 5 курсов по информатике, биоинформатике и машинному обучению в биологии.
  • Арсений Зинкевич
    Преподаватель
    Преподаватель ФББ МГУ, младший научный сотрудник ИОГен РАН, системный аналитик в Insilico Medicine
Полноценный онлайн-вариант
⁍ Онлайн-участники задают вопросы в реальном времени, обсуждают с преподавателями задачи практикума

⁍ Общий чат для всех участников и преподавателей

⁍ Мы предусмотрели онлайн-ассистентов с возможностью персональных консультаций

Оставить заявку:


Мы планируем новый поток в феврале 2023 года в обновленном формате

Как вас зовут?
E-mail
Номер телефона
Москва или GMT+3
Очно или онлайн?
Чем вы занимаетесь?
Кодовое слово
(Не обязательно к заполнению)
Отзывы на предыдущие потоки
Оргкомитет
Директор Бластима, сооснователь Кситеста
Вита Степанова
Генеральный менеджер Бластима
Наталья Мнафки
Организатор курса
Оксана Коржавина
Куратор курсов Бластима

По вопросам о программе и участии

пишите на почту Наталье Мнафки:

n.mnafki@blastim.ru