Бластим проводит опрос о зарплатах в биотехе! Проходите сами и зовите знакомых: каждому заполнившему бонус от Бластима. Опрос можно пройти анонимно.
Бластим проводит опрос о зарплатах в биотехе! Проходите сами и зовите знакомых: каждому заполнившему бонус от Бластима. Опрос можно пройти анонимно.

Анализ NGS-данных


Приглашаем биологов, биоинформатиков и программистов — всех, кому интересно получить опыт работы с NGS-данными.

Десятидневный практический курс пройдет 5 – 9, 12 – 16 июля 2021 года в Москве

В курсе будут рассмотрены основные типы NGS-данных, а также продвинутые технологии — секвенирование единичных клеток и нанопоровое секвенирование.

Учиться можно самому, на факультативах или перенимать опыт коллег. Но на это часто не хватает времени и мотивации, поэтому мы предлагаем формат интенсива: за десять дней вы научитесь обрабатывать и анализировать данные современного секвенирования. Интенсив будут вести профессионалы-практики с опытом преподавания.

Мы заранее расспросим о вашем бэкграунде и посоветуем, знания в каких областях следует подтянуть до курса. Однако предварительные знания по молекулярной биологии, статистике, работе в командной строке, опыт программирования на R и Python весьма желательны.

Важно: мы немного изменили программу курса и теперь ожидаем, что у вас есть базовые навыки работы с командной строкой и языками R и Python. Если вы новичок, мы опубликовали методические материалы для знакомства со средой Linux, командной строкой и обучения основам языков R и Python. Рекомендуем перед курсом изучить эту техническую часть, она содержит только необходимые для прохождения курса навыки.
Программа курса
В конце интенсива участников ждёт выпускной домашний проект для закрепления полученных навыков по одной из нескольких тем: сборка и анализ данных полногеномного секвенирования, РНК-секвенирование или single-cell RNA-seq.
Почему стоит выбрать наш курс?
Вы будете знать конкретные пайплайны для анализа каждого типа данных.

⁍ Мы расскажем вам о бесплатных пакетах и ключевых базах данных, которые используются в современном научном и индустриальном мире.

⁍ На каждом этапе вы будете понимать с чем работаете и как оценивать качество текущей работы.
⁍ Мы разберем конкретные примеры задач, характерные для каждого типа NGS-данных. В каждой теме вы научитесь с нуля анализировать данные до достижения результата хотя бы для одного частного случая.

⁍ Мы продемонстрируем вам экспертные решения, куда двигаться при различных промежуточных результатах с реальными числовыми значениями.

⁍ Вы получите знания о возможностях обработки данных несколькими способами с рекомендациями, что считать наиболее близким к истинному результату.

⁍ Вы научитесь формулировать задачи биоинформатикам (или самому себе :)), будете представлять, сколько времени и сил требуется для выполнения конкретных задач.


⁍ По окончании курса мы дадим вам материалы с расшифровкой основных терминов, указанием программ обработки данных и полезными советами по каждой теме.


⁍ После прохождения курса биологи смогут запускать базовые анализы по современным пайплайнам и поймут пользу и ограничения разных разделов NGS, биоинформатики – повысят свою универсальность, а программисты смогут продолжить самостоятельное изучение данных секвенирования.

Преподаватели
  • Павел Мазин
    Выпускник ФББ МГУ, научный сотрудник Сколковского института науки и технологий, доцент НИУ ВШЭ.
  • Евгений Герасимов
    Выпускник биофака МГУ, к.б.н., с.н.с. лаборатории геномики простейших кафедры молекулярной биологии Биофака МГУ.
    Разработчик ПО T-Aligner.
  • Степан Тощаков
    Выпускник биофака МГУ, генетик, с.н.с. в ФИЦ Биотехнологии РАН, к.б.н.
  • Вера Одинцова
    Выпускница мехмата МГУ,
    информатик в Atlas Biomed Group,
    одна из разработчиков платформы Knomics-Biota.
  • Валерия Микова
    Окончила бакалавриат на кафедре биоинформатики в МФТИ, магистратуру по программе Life Sciences в Сколтехе. Биоинформатик в ФГБУ «ЦСП» ФМБА, преподаватель МФТИ.
  • Наталья Клименко
    Выпускница МГТУ им Баумана, биоинформатик в Институте биологии гена и в компании Кномикс.
  • Надежда Потапова
    Окончила аспирантуру ФББ МГУ, работает в ИППИ РАН и ИЦиГ РАН.
  • Александр Тяхт
    Выпускник ВМиК МГУ, к.б.н., директор по технологиям в компании Кномикс, зав. группой биоинформатики ИБГ РАН.
  • Сергей Исаев
    Выпускник ФББ МГУ, и.о. младшего научного сотрудника ИППИ РАН, биоинформатик в BostonGene.
  • Влад Бабенко
    Выпускник биофака МГУ, научный сотрудник лаборатории геномных исследований и вычислительной биологии ФГБУ ФНКЦ физико-химической медицины ФМБА.
  • Артем Касьянов
    Выпускник ВМиК МГУ, с.н.с. Института проблем передачи информации.
Полноценный онлайн-вариант
⁍ Онлайн участники задают вопросы в реальном времени, обсуждают с преподавателями задачи практикума

⁍ Общий чат для всех участников и преподавателей

⁍ Мы предусмотрели онлайн-ассистентов с возможностью персональных консультаций
Открыта запись на июльский поток!
Стоимость обучения на курсе:

Остались только места в онлайн! Если кто-то из участников отменит бронь, офлайн место может освободиться. Для уточнения наличия мест напишите на почту n.mnafki@blastim.ru

60 000 руб — для самостоятельных участников.
65 000 руб — для представителей бюджетных организаций.
70 000 руб — для представителей компаний.

Для студентов дневных и вечерних отделений бакалавриата, магистратуры и специалитета предоставляется скидка 30%, для аспирантов — 10%. Мы попросим сообщить название вуза, телефон деканата и контактное лицо.

Занятия проходят 5 - 9, 12 - 16 июля 2021 года, по 8 академических часов каждый день.
(Не обязательно к заполнению)
При записи вы соглашаетесь на обработку персональных данных и c политикой конфиденциальности
Договор оферты для физлиц
Договор оферты для юрлиц

На наших курсах соблюдают правила безопасности: участники из разных лабораторий сидят по одному, ТА и организаторы носят маски, регулярно обрабатывают руки и предметы антисептиком.

Отзывы на предыдущие курсы
Оргкомитет
Директор Бластима, сооснователь Кситеста
Вита Степанова
Управляющий партнер Бластима
Наталья Мнафки
Организатор курса
Ольга Стукалова
Руководитель проектов Science Media Projects