R, cтатистика и анализ данных для биоинформатики
Трехдневный практический курс в Москве
3 года мы преподаем и организуем курсы по анализу биологических данных: в МГУ, в Вышке, на летних школах и семинарах. Эти данные надо корректно обработать и доказать значимость — как минимум, чтобы не придрался рецензент. Значит, кто-то из соавторов должен знать хотя бы иксель и определение p-value.

Мы помогаем овладеть более мощными инструментами — языком R, статистикой, машинным обучением. Если научились ими пользоваться, считайте себя начинающим биоинформатиком, а не просто биологом-аналитиком.

Научиться можно самому, на бесплатных онлайн-курсах или факультативах. На это часто не хватает времени и мотивации, поэтому мы предлагаем формат интенсива: за три дня вы перестанете бояться слов "критерий Стьюдента" и "распределение хи-квадрат" и примените все это к своим данным.

Курс полезен биологам, программистам и врачам, которые хотят самостоятельно и правильно обрабатывать биологические и медицинские данные. Ждем также биоинформатиков, которые все это проходили, но забыли.

Минимальные навыки: ноутбук и математика первого курса. Мы заранее выясняем уровень участников и готовим задачи посложнее для тех, кто уже знает статистику и программирует.
Программа
1 день: R
Знакомство с R и R-studio
Базовый тип данных вектор; data frame; файлы.
Установка пакетов
Графики: базовые и ggplot2
Создание простейшего отчета в R
Стартовый проект обработки данных
2 день: статистика
Базовые понятия статистики
Статистические тесты и условия их применения
Тесты ассоциации, if, apply, merge.
Проект по статистической обработке данных
Знакомство и практика с BioconductoR
3 день: анализ данных
Machine learning: линейные модели, задачи кластеризации и классификации
SVM, PCA, MDS
Задача по data analysis
Преподаватель и ассистент
Светлана Виноградова
Сотрудник ИППИ РАН, старший преподаватель ФББ МГУ, автор межфакультетского курса МГУ "Язык R и его применение в биоинформатике"
Елена Ставровская
К.ф-м.н, разрабатывает алгоритмы для биоинформатики. Ведет на ФББ МГУ практические занятия "Программирование на языке Python", "Язык R и его применение в биоинформатике", "Алгоритмы".

Ответит на вопросы участников и укажет на ошибки.

Из отзывов участников курса 11, 12 и 13 фев 2016

Николай Афанасьев
Развитие новых направлений в ИТ-компании MAYKOR
Почти все понравилось. Очень хорошие преподаватели с хорошей практикой. Курс в целом логичный, подача материала последовательная и продуманная, подходит как для начала знакомства с R, так и для уже кое-что умеющих пользователей.
Маловато практики. На мой взгляд, нужно больше давать заданий на самостоятельную работу, чтобы в процессе закреплять знания, и меньше давать заданий на копирование кусков скрипта из туториала. Возможно, для такого объема материала 3 дня – мало. Возможно. имеет смысл растянуть курс на 4-5 дней и увеличить количество практических заданий.

Дмитрий Равчеев
Research Associate, Luxembourg Centre for System Biomedicine, University of Luxembourg
Очень хорошо были объяснены основные возможности R, причем с привязкой к биоинформатическим задачам.
Посоветовал бы курс биоинформатикам, микробиологам, молекулярным биологам.
Использовать в работе пока не начал (три дня прошло с окончания курса!), но планирую.

Евгений Олехнович
мнс в НИИ дезинфектологии
Получил много нужной информации.
Не понравилось, что слишком мало сил, чтобы воспринимать много информации. Кластеризацию и введение в машинное обучение я бы в начало дня поместил.
Посоветовал бы курс коллегам.

Наталья Гребенкина
нс в институте сельскохозяйственной биотехнологии и ИБХФ РАН
Понравились:
1. Наглядность при объяснении материала
2. Возможность смотреть презентации и тьюториалы на своем компьютере
3. Индивидуальный подход преподавателей к слушателям
Не понравилось обилие материала и его некоторая неструктурированность. Переходы между темами были слишком резкими.
Этот курс для меня стал знакомством с R. На заключительном занятии нам посоветовали сайт DataСamp, на котором я планирую продолжать обучение.
Посоветовала бы курс биологам, математикам, программистам.

Анастасия Воронова
мнс в МГНЦ
Понравились насыщенность, много примеров и задач для самостоятельной работы
На мой взгляд, не хватало еще одного человека для помощи во время решения задач, так как у многих возникали вопросы и уровень знаний у обучающихся различен
Думаю, можно было бы предложить до начала курса повторить некоторые главы статистики, что существенно облегчило бы восприятие информации во время курса.
Из отзывов участников курса по Линуксу и Питону 30 окт..01 ноя 2015

Константин Курбаков
мнс лаборатории гигиены производства и микробиологии ФГБНУ "ВНИИМП им. В.М. Горбатова"
При нулевом опыте работы с данными инструментами, я в конце курса [почти] самостоятельно решал задачи, можно объективно заключить, что он даром не прошёл =) Прежде всего, важно, что орги успели показать не только общие принципы работы данных языков программирования, но и их практическое применение.
Предупреждение тем, кто собирается: это "интенсив", т.е. придётся быстро делать записи, вбивать команды и при этом осознавать, что происходит)
Посоветую курс тем, чья работа [будет] связана с биоинформатическим анализом больших объёмов данных. По возможности, сам повторю в следующем году для закрепления)

Елена Осипова
Теплая, почти домашняя атмосфера. Доступное изложение разного материала. Индивидуальный подход к каждому. Понравилось, что помогали не только отстающим, а всем нуждающимся. Знакомство с Biopython и его применение в практике.
К части про Python хотелось бы добавить разбор реально существующих простых прикладных программ для понимания алгоритмов, последовательностей действий в разработке собственных программ.
Курс хорош для всех тех, кто мало знаком с Linux и Python; для тех, кто уже начал осваивать все это, но есть много вопросов типа "а как это сделать правильно?"
Очень удобный формат "выходного дня", то есть проведения курса в пятницу-субботу-воскресение. Хотелось бы практический курс по R и транскриптомике в этом же формате.
Из отзывов участников курса "Анализ данных секвенирования" 11..19 авг в Пущино

Елена Шарова
мнс в ФГБУН НИИ ФХМ ФМБА РФ
Что больше всего понравилось?
1. Атмосфера 8-)
2. Сконцентрированность информации и практические задания.
3. Возможность пообщаться с профессионалами в области обработки и анализа данных.
Вы бы посоветовали курс коллегам?

Да, экспериментаторам точно посоветовала бы. Потому что даже при наличии опыта в большом количестве моментов он упорядочивает понимание. При небольшом опыте и отрывочном понимании он тем более полезен.

Георгий Арапиди
ИБХ РАН, инженер лаборатории Протеомики
МФТИ(ГУ), научный сотрудник лаборатории Системной биологии
Здорово, что вы не дали нам отдыхать! (как бы это странно не звучало) Получился действительно интенсивный курс: много интересных лекций, домашка (которой приходилось жертвовать) и "ночной" проект.

Интернет подкачал - хотя могло было быть и хуже) Просто все остальное было замечательно, а поругать нужно же за что-то))

Вы бы посоветовали курс коллегам?
Обязательно! И даже уже знаю кому.
Без купюр публикуем все публичные отзывы с наших курсов
Где пройдет
Белый Лист, 3 минуты от м. Добрынинская, ул. Валовая, д. 32/75

Оплата
Обучение на трехдневном курсе в Москве стоит
18 000 рублей для самостоятельных участников (физлиц),
21 000 рублей для академических участников,
24 000 рублей для представителей компаний и ИП.

Студенты дневных и вечерних отделений получают скидку 30%. Попросим сообщить название вуза, телефон деканата и контактное лицо.

Занятия начинаются в 11:00, кончаются около восьми-девяти вечера. В перерывах кофе-брейк.

Дата следующего курса пока неизвестна
Мы напишем вам, когда будет открыта запись. Без спама.
Оргкомитет
Юрий Пеков
Директор рекрутингового агенства Бластим
Вита Степанова
Михаил Гельфанд
Д.б.н., профессор ФББ МГУ, заведующий УНЦ "Биоинформатика" и зам. директора ИППИ РАН
Аксиния Гайдукова
Куратор курсов, администратор от науки
Партнеры