Linux и Python
для биологов и не только
Трехдневный практический курс в Москве
17, 18 и 19 марта
4 года мы преподаем и организуем курсы по биоинформатике: в МГУ, в Вышке, на летних школах и семинарах. И всякий раз биологам трудно с командной строкой и программированием.

Научиться можно самому, на бесплатных онлайн-курсах или факультативах. На это часто не хватает времени и мотивации, поэтому мы предлагаем формат интенсива: за три дня вы перестанете бояться черного экрана и напишете первую программу, которая обработает ваши данные.

Если на курсе более 10 человек, преподавателю помогает ассистент. Он ответит на вопрос и укажет на ошибку.

Приглашаем биологов, которые хотят полноценно изучать биоинформатику. Если вы не биолог и не смущает специфика, тоже приходите.
Программа
1 день: командная строка
Основы Linux
Концепция командной строки, bash
Работа с файлами
Pipe, концепция pipeline
Работа с биологическими данными
git
Циклы, поиск
2 день: основы Питона
Jupyter
Переменные, операции, типы данных
Условия, циклы
Списки, словари
Строки, файлы (итераторы в питоне)
Функции
Регулярные выражения
3 день: пишем программы
argparse
Графики
pipeline через python
Работа с файловой системой
Решение биологических задач
Статистический расчет
Персональный мини-проект
Комментирование и корректировка на большом экране. Ответы на вопросы
Преподаватели
Тимофей Проданов
Биоинформатик, магистр СПбАУ. Преподаватель и тьютор в Институте Биоинформатики и GoTo School
Иван Дмитриевский
Биоинформатик, магистр СПбПУ. Писал софт в EPAM Systems. Выпускник Института Биоинформатики.
Отзывы

Константин Курбаков
мнс лаборатории гигиены производства и микробиологии ФГБНУ "ВНИИМП им. В.М. Горбатова"
При нулевом опыте работы с данными инструментами, я в конце курса [почти] самостоятельно решал задачи, можно объективно заключить, что он даром не прошёл =) Прежде всего, важно, что орги успели показать не только общие принципы работы данных языков программирования, но и их практическое применение.
Предупреждение тем, кто собирается: это "интенсив", т.е. придётся быстро делать записи, вбивать команды и при этом осознавать, что происходит)
Посоветую курс тем, чья работа [будет] связана с биоинформатическим анализом больших объёмов данных. По возможности, сам повторю в следующем году для закрепления)

Константин Птицын
снс в ИМБП
Понравились атмосфера, дружеское отношение и очень много информации.
Не понравилось, что мало времени на курс, всего три дня, не все задачи решили.
Советовал бы всем биологам, особенно генетикам и молекулярщикам.

Сергей Крат
Студент в лаборатории молекулярной генетики ЗАО"Биокад"
Понравилось, что работали интенсивно, не отвлекались и оперативно получали подсказки при необходимости
Все таки времени хотелось бы больше, дня 4-5, что бы было больше возможности для практики.
И жаль, что не было раздаточных материалов, например методичек с командами, было бы удобно, если бы они всегда были перед глазами.

Елена Осипова
Теплая, почти домашняя атмосфера. Доступное изложение разного материала. Индивидуальный подход к каждому. Понравилось, что помогали не только отстающим, а всем нуждающимся. Знакомство с Biopython и его применение в практике.
К части про Python хотелось бы добавить разбор реально существующих простых прикладных программ для понимания алгоритмов, последовательностей действий в разработке собственных программ.
Курс хорош для всех тех, кто мало знаком с Linux и Python; для тех, кто уже начал осваивать все это, но есть много вопросов типа "а как это сделать правильно?"
Очень удобный формат "выходного дня", то есть проведения курса в пятницу-субботу-воскресение. Хотелось бы практический курс по R и транскриптомике в этом же формате.

Юлия Урбан
Научный сотрудник в МНИИЭиМ им. Г.Н. Габричевского
Понравилось доходчивое объяснение и индивидуальный подход.
Хотелось бы иметь отпечатанный словарь синтаксиса (что типа методички).
Посоветовала бы курс биологам которые интересуются биоинформатикой.
Я перестала бояться строки, поняла, что мне по силам это освоить))
Лучше в начале дня начать решать более сложные задачи, в конце дня уже становится тяжело что-то воспринимать). Но в целом все понравилось, ребята очень дружелюбные и готовы дать доступные ответы на вопросы)
Без купюр публикуем все публичные отзывы с наших курсов
Оплата
Обучение на трехдневном курсе в Москве стоит
20 000 рублей для самостоятельных участников,
25 000 рублей для представителей бюджетных организаций,
30 000 рублей для представителей компаний.

Студенты дневных и вечерних отделений получают скидку 30%. Попросим сообщить название вуза, телефон деканата и контактное лицо.

Участники курса получают скидку 10% на курс «Анализ данных секвенирования».

Занятия начинаются в 11:00, кончаются около семи вечера. В перерывах кофе-брейк и бизнес-ланч.

Дата следующего курса пока неизвестна
Мы напишем вам, когда будет открыта запись. Без спама.
Для выполнения практических заданий на всех днях курса потребуется ноутбук с любой операционкой.

По окончании курса выдается сертификат.
Организаторы
Оргкомитет
Юрий Пеков
Директор Бластима, организатор MCCMB
Вита Степанова
Аспирант Сколтеха
Андрей Афанасьев
Директор Айбинома, организатор курсов и конференций NGS в медицинской генетике

Незримо наблюдает
Михаил Гельфанд
Д.б.н., профессор ФББ МГУ, заведующий УНЦ "Биоинформатика" и зам. директора ИППИ РАН